gaworkflow/frontend/fctracker/models.py

   1 from django.db import models
   2 from gaworkflow.frontend import settings
   3
   4 # Create your models here.
   5
   6 class Species(models.Model):
   7
   8   scientific_name = models.CharField(max_length=256, unique=False, db_index=True, core=True)
   9   common_name = models.CharField(max_length=256, blank=True)
  10   use_genome_build = models.CharField(max_length=100, blank=False, null=False)
  11
  12   def __str__(self):
  13     return '%s (%s)|%s' % (self.scientific_name, self.common_name, self.use_genome_build)
  14
  15   class Meta:
  16     verbose_name_plural = "species"
  17     ordering = ["scientific_name"]
  18
  19   class Admin:
  20       fields = (
  21         (None, {
  22             'fields': (('scientific_name', 'common_name'), ('use_genome_build'))
  23         }),
  24       )
  25
  26 class Library(models.Model):
  27
  28   library_id = models.CharField(max_length=25, primary_key=True, db_index=True, core=True)
  29   library_name = models.CharField(max_length=100, unique=True, core=True)
  30   library_species = models.ForeignKey(Species, core=True)
  31   #use_genome_build = models.CharField(max_length=100, blank=False, null=False)
  32   RNAseq = models.BooleanField()
  33
  34   made_by = models.CharField(max_length=50, blank=True, default="Lorian")
  35   creation_date = models.DateField(blank=True, null=True)
  36   made_for = models.CharField(max_length=50, blank=True)
  37
  38   PROTOCOL_END_POINTS = (
  39       ('?', 'Unknown'),
  40       ('Sample', 'Raw sample'),
  41       ('Gel', 'Ran gel'),
  42       ('1A', 'Gel purification'),
  43       ('2A', '2nd PCR'),
  44       ('Done', 'Completed'),
  45       ('Progress', 'In progress'),
  46     )
  47   stopping_point = models.CharField(max_length=50, choices=PROTOCOL_END_POINTS)
  48   amplified_from_sample = models.ForeignKey('self', blank=True, null=True)
  49   library_size = models.IntegerField(default=225, blank=True, null=True)
  50
  51   undiluted_concentration = models.DecimalField("Undiluted concentration (ng/ul)", max_digits=5, decimal_places=2, blank=True, null=True)
  52   successful_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, blank=True, null=True)
  53
  54   notes = models.TextField(blank=True)
  55
  56   def __str__(self):
  57     return '#%s: %s' % (self.library_id, self.library_name)
  58
  59   class Meta:
  60     verbose_name_plural = "libraries"
  61     ordering = ["-library_id"]
  62
  63   class Admin:
  64     date_hierarchy = "creation_date"
  65     save_as = True
  66     save_on_top = True
  67     search_fields = ['library_name', 'library_id']
  68     list_display = ('library_id', 'library_name', 'made_for', 'library_species', 'creation_date')
  69     list_display_links = ('library_id', 'library_name')
  70     list_filter = ('stopping_point', 'library_species', 'made_for', 'made_by')
  71     fields = (
  72         (None, {
  73             'fields': (('library_id', 'library_name'), ('library_species', 'RNAseq'),)
  74         }),
  75         ('Creation Information:', {
  76             'fields' : (('made_for', 'made_by', 'creation_date'), ('stopping_point', 'amplified_from_sample'), ('undiluted_concentration', 'library_size'), 'notes',)
  77         }),
  78         ('Run Information:', {
  79             'fields' : (('successful_pM'),)
  80         }),
  81     )
  82
  83 class FlowCell(models.Model):
  84
  85   flowcell_id = models.CharField(max_length=20, unique=True, db_index=True, core=True)
  86   run_date = models.DateTimeField(core=True)
  87   advanced_run = models.BooleanField(default=False)
  88   read_length = models.IntegerField(default=32)
  89
  90   lane_1_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_1_library")
  91   lane_2_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_2_library")
  92   lane_3_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_3_library")
  93   lane_4_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_4_library")
  94   lane_5_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_5_library")
  95   lane_6_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_6_library")
  96   lane_7_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_7_library")
  97   lane_8_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_8_library")
  98
  99   lane_1_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 100   lane_2_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 101   lane_3_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 102   lane_4_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 103   lane_5_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 104   lane_6_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 105   lane_7_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 106   lane_8_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2, default=4)
 107
 108   lane_1_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 109   lane_2_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 110   lane_3_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 111   lane_4_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 112   lane_5_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 113   lane_6_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 114   lane_7_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 115   lane_8_cluster_estimate = models.CharField(max_length=25, blank=True, null=True)
 116
 117   kit_1000148 = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 118   kit_1000147 = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 119   kit_1000183 = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 120   kit_1001625 = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 121
 122   cluster_station_id = models.CharField(max_length=50, blank=True, null=True)
 123   sequencer_id = models.CharField(max_length=50, blank=True, null=True)
 124
 125   notes = models.TextField(blank=True)
 126
 127   def __str__(self):
 128     return '%s (%s)' % (self.flowcell_id, self.run_date)
 129
 130   class Meta:
 131     ordering = ["-run_date"]
 132
 133   class Admin:
 134     date_hierarchy = "run_date"
 135     save_as = True
 136     save_on_top = True
 137     search_fields = ['flowcell_id', 'lane_1_library__library_id', 'lane_1_library__library_name', 'lane_2_library__library_id', 'lane_2_library__library_name', 'lane_3_library__library_id', 'lane_3_library__library_name', 'lane_4_library__library_id', 'lane_4_library__library_name', 'lane_5_library__library_id', 'lane_5_library__library_name', 'lane_6_library__library_id', 'lane_6_library__library_name', 'lane_7_library__library_id', 'lane_7_library__library_name', 'lane_8_library__library_id', 'lane_8_library__library_name']
 138     list_display = ('run_date', 'flowcell_id', 'lane_1_library', 'lane_2_library', 'lane_3_library', 'lane_4_library', 'lane_5_library', 'lane_6_library', 'lane_7_library', 'lane_8_library')
 139     list_display_links = ('run_date', 'flowcell_id', 'lane_1_library', 'lane_2_library', 'lane_3_library', 'lane_4_library', 'lane_5_library', 'lane_6_library', 'lane_7_library', 'lane_8_library')
 140     fields = (
 141         (None, {
 142             'fields': ('run_date', 'flowcell_id', ('read_length', 'advanced_run'),)
 143         }),
 144         ('Lanes:', {
 145             'fields' : (('lane_1_library', 'lane_1_pM'), ('lane_2_library', 'lane_2_pM'), ('lane_3_library', 'lane_3_pM'), ('lane_4_library', 'lane_4_pM'), ('lane_5_library', 'lane_5_pM'), ('lane_6_library', 'lane_6_pM'), ('lane_7_library', 'lane_7_pM'), ('lane_8_library', 'lane_8_pM'),)
 146         }),
 147         (None, {
 148             'fields' : ('notes',)
 149         }),
 150         ('Kits & Machines:', {
 151             'classes': 'collapse',
 152             'fields' : (('kit_1000148', 'kit_1000147', 'kit_1000183', 'kit_1001625'), ('cluster_station_id', 'sequencer_id'),)
 153         }),
 154     )
 155
 156 class ElandResult(models.Model):
 157
 158   class Admin: pass
 159
 160   flow_cell = models.ForeignKey(FlowCell)
 161   config_file = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_CONFIG_FILE)
 162   eland_result_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_ELAND_RESULT_PACKS)
 163   bed_file_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_BED_PACKS)
 164
 165   notes = models.TextField(blank=True)