gaworkflow/frontend/fctracker/views.py

   1 # Create your views here.
   2 from gaworkflow.frontend.fctracker.models import Library
   3 from gaworkflow.frontend.fctracker.results import get_flowcell_result_dict, flowcellIdStrip
   4 from gaworkflow.pipeline.runfolder import ElementTree
   5 from gaworkflow.pipeline import runfolder
   6 from gaworkflow.frontend import settings
   7 from gaworkflow.util import makebed
   8 from gaworkflow.util import opener
   9
  10 from django.http import HttpResponse
  11 from django.template.loader import get_template
  12 from django.template import Context
  13
  14 import StringIO
  15
  16 #from django.db.models import base
  17
  18 def library(request):
  19     library_list = Library.objects.all() #.order_by('-pub_date')
  20     rep_string = '<a href="/library/%s/">%s - %s (%s)</a>'
  21     output = '<br />\n'.join([rep_string \
  22       % (l.library_id,
  23          l.library_id,
  24          l.library_name,
  25          l.library_species.scientific_name) for l in library_list])
  26     return HttpResponse(output)
  27
  28 def library_to_flowcells(request, lib_id):
  29     """
  30     Display information about all the flowcells a library has been run on.
  31     """
  32     t = get_template("summary_stats.html")
  33
  34     try:
  35       lib = Library.objects.get(library_id=lib_id)
  36     except:
  37       return HttpResponse("Library %s does not exist" % (lib_id))
  38
  39     output = []
  40
  41     output.append('<b>Library ID:</b> %s' % (lib.library_id))
  42     output.append('<b>Name:</b> %s' % (lib.library_name))
  43     output.append('<b>Species:</b> %s' % (lib.library_species.scientific_name))
  44     output.append('')
  45
  46     output.append('<b>FLOWCELL - LANE:</b>')
  47
  48     output.extend([ '%s - Lane 1 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 1)) for fc in lib.lane_1_library.all() ])
  49     output.extend([ '%s - Lane 2 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 2)) for fc in lib.lane_2_library.all() ])
  50     output.extend([ '%s - Lane 3 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 3)) for fc in lib.lane_3_library.all() ])
  51     output.extend([ '%s - Lane 4 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 4)) for fc in lib.lane_4_library.all() ])
  52     output.extend([ '%s - Lane 5 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 5)) for fc in lib.lane_5_library.all() ])
  53     output.extend([ '%s - Lane 6 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 6)) for fc in lib.lane_6_library.all() ])
  54     output.extend([ '%s - Lane 7 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 7)) for fc in lib.lane_7_library.all() ])
  55     output.extend([ '%s - Lane 8 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 8)) for fc in lib.lane_8_library.all() ])
  56
  57     record_count = lib.lane_1_library.count() + \
  58                     lib.lane_2_library.count() + \
  59                     lib.lane_3_library.count() + \
  60                     lib.lane_4_library.count() + \
  61                     lib.lane_5_library.count() + \
  62                     lib.lane_6_library.count() + \
  63                     lib.lane_7_library.count() + \
  64                     lib.lane_8_library.count()
  65
  66     flowcell_list = []
  67     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 1) for fc in lib.lane_1_library.all() ])
  68     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 2) for fc in lib.lane_2_library.all() ])
  69     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 3) for fc in lib.lane_3_library.all() ])
  70     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 4) for fc in lib.lane_4_library.all() ])
  71     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 5) for fc in lib.lane_5_library.all() ])
  72     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 6) for fc in lib.lane_6_library.all() ])
  73     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 7) for fc in lib.lane_7_library.all() ])
  74     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 8) for fc in lib.lane_8_library.all() ])
  75     flowcell_list.sort()
  76
  77     output.append('<br />')
  78
  79     data_dict_list = []
  80     for fc, lane in flowcell_list:
  81         dicts, err_list, summary_list = _summary_stats(fc, lane)
  82
  83         data_dict_list.extend(dicts)
  84
  85         for err in err_list:
  86             output.append(err)
  87
  88         for summary in summary_list:
  89             output.append(summary.replace('\n', '<br />\n'))
  90     html = t.render(Context({'data_dict_list': data_dict_list}))
  91     output.append('<br />')
  92     output.append('<br />')
  93     output.append(html)
  94     output.append('<br />')
  95     output.append('<br />')
  96
  97     if record_count == 0:
  98         output.append("None Found")
  99
 100     return HttpResponse('<br />\n'.join(output))
 101
 102
 103 def summaryhtm_fc_cnm(request, fc_id, cnm):
 104     """
 105     returns a Summary.htm file if it exists.
 106     """
 107     fc_id = flowcellIdStrip(fc_id)
 108     d = get_flowcell_result_dict(fc_id)
 109
 110     if d is None:
 111         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s not found.</b>' % (fc_id))
 112
 113     if cnm not in d:
 114         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s not found.</b>' % (fc_id, cnm))
 115
 116     summary_filepath = d[cnm]['summary']
 117
 118     if summary_filepath is None:
 119         return HttpResponse('<b>Summary.htm for Flowcell %s; %s not found.</b>' % (fc_id, cnm))
 120
 121     f = open(summary_filepath, 'r')
 122
 123     return HttpResponse(f)
 124
 125
 126 def result_fc_cnm_eland_lane(request, fc_id, cnm, lane):
 127     """
 128     returns an eland_file upon calling.
 129     """
 130     fc_id = flowcellIdStrip(fc_id)
 131     d = get_flowcell_result_dict(fc_id)
 132
 133     if d is None:
 134         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s not found.</b>' % (fc_id))
 135
 136     if cnm not in d:
 137         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s not found.</b>' % (fc_id, cnm))
 138
 139     erd = d[cnm]['eland_results']
 140     lane = int(lane)
 141
 142     if lane not in erd:
 143         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s; lane %s not found.</b>' % (fc_id, cnm, lane))
 144
 145     filepath = erd[lane]
 146
 147     f = opener.autoopen(filepath, 'r')
 148
 149     return HttpResponse(f, mimetype="application/x-elandresult")
 150
 151
 152 def bedfile_fc_cnm_eland_lane_ucsc(request, fc_id, cnm, lane):
 153     """
 154     returns a bed file for a given flowcell, CN-M (i.e. C1-33), and lane (ucsc compatible)
 155     """
 156     return bedfile_fc_cnm_eland_lane(request, fc_id, cnm, lane, ucsc_compatible=True)
 157
 158
 159 def bedfile_fc_cnm_eland_lane(request, fc_id, cnm, lane, ucsc_compatible=False):
 160     """
 161     returns a bed file for a given flowcell, CN-M (i.e. C1-33), and lane
 162     """
 163     fc_id = flowcellIdStrip(fc_id)
 164     d = get_flowcell_result_dict(fc_id)
 165
 166     if d is None:
 167         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s not found.</b>' % (fc_id))
 168
 169     if cnm not in d:
 170         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s not found.</b>' % (fc_id, cnm))
 171
 172     erd = d[cnm]['eland_results']
 173     lane = int(lane)
 174
 175     if lane not in erd:
 176         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s; lane %s not found.</b>' % (fc_id, cnm, lane))
 177
 178     filepath = erd[lane]
 179
 180     # Eland result file
 181     fi = opener.autoopen(filepath, 'r')
 182     # output memory file
 183
 184
 185     name, description = makebed.make_description(settings.DATABASE_NAME,
 186                                                  fc_id,
 187                                                  lane)
 188
 189     bedgen = makebed.make_bed_from_eland_stream_generator(fi, name, description)
 190
 191     if ucsc_compatible:
 192         return HttpResponse(bedgen)
 193     else:
 194         return HttpResponse(bedgen, mimetype="application/x-bedfile")
 195
 196
 197 def _summary_stats(flowcell_id, lane):
 198     """
 199     return a dictionary of summary stats for a given flowcell_id & lane.
 200     """
 201     fc_id = flowcellIdStrip(flowcell_id)
 202     fc_result_dict = get_flowcell_result_dict(fc_id)
 203
 204     dict_list = []
 205     err_list = []
 206     summary_list = []
 207
 208     if fc_result_dict is None:
 209         err_list.append('Results for Flowcell %s not found.' % (fc_id))
 210         return (dict_list, err_list, summary_list)
 211
 212     for cnm in fc_result_dict:
 213
 214         xmlpath = fc_result_dict[cnm]['run_xml']
 215
 216         if xmlpath is None:
 217             err_list.append('Run xml for Flowcell %s(%s) not found.' % (fc_id, cnm))
 218             continue
 219
 220         tree = ElementTree.parse(xmlpath).getroot()
 221         results = runfolder.PipelineRun(pathname='', xml=tree)
 222         try:
 223             summary_list.append(runfolder.summary_report([results]))
 224         except:
 225             summary_list.append("Summary report needs to be updated.")
 226
 227         lane_results = results.gerald.summary[0][lane]
 228         lrs = lane_results
 229
 230         d = {}
 231
 232         d['average_alignment_score'] = lrs.average_alignment_score
 233         d['average_first_cycle_intensity'] = lrs.average_first_cycle_intensity
 234         d['cluster'] = lrs.cluster
 235         d['lane'] = lrs.lane
 236         d['flowcell'] = flowcell_id
 237         d['cnm'] = cnm
 238         d['percent_error_rate'] = lrs.percent_error_rate
 239         d['percent_intensity_after_20_cycles'] = lrs.percent_intensity_after_20_cycles
 240         d['percent_pass_filter_align'] = lrs.percent_pass_filter_align
 241         d['percent_pass_filter_clusters'] = lrs.percent_pass_filter_clusters
 242
 243         #FIXME: function finished, but need to take advantage of
 244         #   may need to take in a list of lanes so we only have to
 245         #   load the xml file once per flowcell rather than once
 246         #   per lane.
 247         dict_list.append(d)
 248
 249     return (dict_list, err_list, summary_list)
 250
 251
 252
 253
 254 def _files(flowcell_id, lane):
 255     """
 256     Sets up available files for download
 257     """
 258     flowcell_id = flowcellIdStrip(flowcell_id)
 259     d = get_flowcell_result_dict(flowcell_id)
 260
 261     if d is None:
 262         return ''
 263
 264     output = []
 265
 266     # c_name == 'CN-M' (i.e. C1-33)
 267     for c_name in d:
 268
 269         if d[c_name]['summary'] is not None:
 270             output.append('<a href="/results/%s/%s/summary/">summary(%s)</a>' \
 271                           % (flowcell_id, c_name, c_name))
 272
 273         erd = d[c_name]['eland_results']
 274
 275         if int(lane) in erd:
 276             output.append('<a href="/results/%s/%s/eland_result/%s">eland_result(%s)</a>' % (flowcell_id, c_name, lane, c_name))
 277             output.append('<a href="/results/%s/%s/bedfile/%s">bedfile(%s)</a>' % (flowcell_id, c_name, lane, c_name))
 278
 279     if len(output) == 0:
 280         return ''
 281
 282     return '(' + '|'.join(output) + ')'
 283