gaworkflow/frontend/fctracker/views.py

   1 # Create your views here.
   2 from gaworkflow.frontend.fctracker.models import Library
   3 from gaworkflow.frontend.fctracker.results import get_flowcell_result_dict, flowcellIdStrip
   4 from gaworkflow.pipeline.runfolder import ElementTree
   5 from gaworkflow.pipeline import runfolder
   6 from gaworkflow.frontend import settings
   7 from gaworkflow.util import makebed
   8 from gaworkflow.util import opener
   9
  10 from django.http import HttpResponse
  11 from django.template.loader import get_template
  12 from django.template import Context
  13
  14 import StringIO
  15
  16 #from django.db.models import base
  17
  18 def library(request):
  19     library_list = Library.objects.all() #.order_by('-pub_date')
  20     rep_string = '<a href="/library/%s/">%s - %s (%s)</a>'
  21     output = '<br />\n'.join([rep_string \
  22       % (l.library_id,
  23          l.library_id,
  24          l.library_name,
  25          l.library_species.scientific_name) for l in library_list])
  26     return HttpResponse(output)
  27
  28 def library_to_flowcells(request, lib_id):
  29     """
  30     Display information about all the flowcells a library has been run on.
  31     """
  32     t = get_template("summary_stats.html")
  33
  34     try:
  35       lib = Library.objects.get(library_id=lib_id)
  36     except:
  37       return HttpResponse("Library %s does not exist" % (lib_id))
  38
  39     output = []
  40
  41     output.append('<b>Library ID:</b> %s' % (lib.library_id))
  42     output.append('<b>Name:</b> %s' % (lib.library_name))
  43     output.append('<b>Species:</b> %s' % (lib.library_species.scientific_name))
  44     output.append('')
  45
  46     output.append('<b>FLOWCELL - LANE:</b>')
  47
  48     output.extend([ '%s - Lane 1 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 1)) for fc in lib.lane_1_library.all() ])
  49     output.extend([ '%s - Lane 2 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 2)) for fc in lib.lane_2_library.all() ])
  50     output.extend([ '%s - Lane 3 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 3)) for fc in lib.lane_3_library.all() ])
  51     output.extend([ '%s - Lane 4 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 4)) for fc in lib.lane_4_library.all() ])
  52     output.extend([ '%s - Lane 5 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 5)) for fc in lib.lane_5_library.all() ])
  53     output.extend([ '%s - Lane 6 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 6)) for fc in lib.lane_6_library.all() ])
  54     output.extend([ '%s - Lane 7 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 7)) for fc in lib.lane_7_library.all() ])
  55     output.extend([ '%s - Lane 8 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 8)) for fc in lib.lane_8_library.all() ])
  56
  57     record_count = lib.lane_1_library.count() + \
  58                     lib.lane_2_library.count() + \
  59                     lib.lane_3_library.count() + \
  60                     lib.lane_4_library.count() + \
  61                     lib.lane_5_library.count() + \
  62                     lib.lane_6_library.count() + \
  63                     lib.lane_7_library.count() + \
  64                     lib.lane_8_library.count()
  65
  66     flowcell_list = []
  67     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 1) for fc in lib.lane_1_library.all() ])
  68     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 2) for fc in lib.lane_2_library.all() ])
  69     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 3) for fc in lib.lane_3_library.all() ])
  70     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 4) for fc in lib.lane_4_library.all() ])
  71     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 5) for fc in lib.lane_5_library.all() ])
  72     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 6) for fc in lib.lane_6_library.all() ])
  73     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 7) for fc in lib.lane_7_library.all() ])
  74     flowcell_list.extend([ (fc.flowcell_id, 8) for fc in lib.lane_8_library.all() ])
  75     flowcell_list.sort()
  76
  77     output.append('<br />')
  78
  79     data_dict_list = []
  80     for fc, lane in flowcell_list:
  81         dicts, err_list = _summary_stats(fc, lane)
  82
  83         data_dict_list.extend(dicts)
  84
  85         for err in err_list:
  86             output.append(err)
  87
  88     html = t.render(Context({'data_dict_list': data_dict_list}))
  89     output.append('<br />')
  90     output.append('<br />')
  91     output.append(html)
  92     output.append('<br />')
  93     output.append('<br />')
  94
  95     if record_count == 0:
  96         output.append("None Found")
  97
  98     return HttpResponse('<br />\n'.join(output))
  99
 100
 101 def summaryhtm_fc_cnm(request, fc_id, cnm):
 102     """
 103     returns a Summary.htm file if it exists.
 104     """
 105     fc_id = flowcellIdStrip(fc_id)
 106     d = get_flowcell_result_dict(fc_id)
 107
 108     if d is None:
 109         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s not found.</b>' % (fc_id))
 110
 111     if cnm not in d:
 112         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s not found.</b>' % (fc_id, cnm))
 113
 114     summary_filepath = d[cnm]['summary']
 115
 116     if summary_filepath is None:
 117         return HttpResponse('<b>Summary.htm for Flowcell %s; %s not found.</b>' % (fc_id, cnm))
 118
 119     f = open(summary_filepath, 'r')
 120
 121     return HttpResponse(f)
 122
 123
 124 def result_fc_cnm_eland_lane(request, fc_id, cnm, lane):
 125     """
 126     returns an eland_file upon calling.
 127     """
 128     fc_id = flowcellIdStrip(fc_id)
 129     d = get_flowcell_result_dict(fc_id)
 130
 131     if d is None:
 132         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s not found.</b>' % (fc_id))
 133
 134     if cnm not in d:
 135         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s not found.</b>' % (fc_id, cnm))
 136
 137     erd = d[cnm]['eland_results']
 138     lane = int(lane)
 139
 140     if lane not in erd:
 141         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s; lane %s not found.</b>' % (fc_id, cnm, lane))
 142
 143     filepath = erd[lane]
 144
 145     f = opener.autoopen(filepath, 'r')
 146
 147     return HttpResponse(f, mimetype="application/x-elandresult")
 148
 149
 150 def bedfile_fc_cnm_eland_lane_ucsc(request, fc_id, cnm, lane):
 151     """
 152     returns a bed file for a given flowcell, CN-M (i.e. C1-33), and lane (ucsc compatible)
 153     """
 154     return bedfile_fc_cnm_eland_lane(request, fc_id, cnm, lane, ucsc_compatible=True)
 155
 156
 157 def bedfile_fc_cnm_eland_lane(request, fc_id, cnm, lane, ucsc_compatible=False):
 158     """
 159     returns a bed file for a given flowcell, CN-M (i.e. C1-33), and lane
 160     """
 161     fc_id = flowcellIdStrip(fc_id)
 162     d = get_flowcell_result_dict(fc_id)
 163
 164     if d is None:
 165         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s not found.</b>' % (fc_id))
 166
 167     if cnm not in d:
 168         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s not found.</b>' % (fc_id, cnm))
 169
 170     erd = d[cnm]['eland_results']
 171     lane = int(lane)
 172
 173     if lane not in erd:
 174         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s; lane %s not found.</b>' % (fc_id, cnm, lane))
 175
 176     filepath = erd[lane]
 177
 178     # Eland result file
 179     fi = opener.autoopen(filepath, 'r')
 180     # output memory file
 181
 182
 183     name, description = makebed.make_description(settings.DATABASE_NAME,
 184                                                  fc_id,
 185                                                  lane)
 186
 187     bedgen = makebed.make_bed_from_eland_stream_generator(fi, name, description)
 188
 189     if ucsc_compatible:
 190         return HttpResponse(bedgen)
 191     else:
 192         return HttpResponse(bedgen, mimetype="application/x-bedfile")
 193
 194
 195 def _summary_stats(flowcell_id, lane):
 196     """
 197     return a dictionary of summary stats for a given flowcell_id & lane.
 198     """
 199     fc_id = flowcellIdStrip(flowcell_id)
 200     fc_result_dict = get_flowcell_result_dict(fc_id)
 201
 202     dict_list = []
 203     err_list = []
 204
 205     if fc_result_dict is None:
 206         err_list.append('Results for Flowcell %s not found.' % (fc_id))
 207         return (dict_list, err_list)
 208
 209     for cnm in fc_result_dict:
 210
 211         xmlpath = fc_result_dict[cnm]['runx_xml']
 212
 213         if xmlpath is None:
 214             err_list.append('Run xml for Flowcell %s(%s) not found.' % (fc_id, cnm))
 215             continue
 216
 217         tree = ElementTree.parse(xmlpath).getroot()
 218         results = runfolder.PipelineRun(pathname='', xml=tree)
 219
 220         lane_results = results.gerald.summary[str(lane)]
 221         lrs = lane_results
 222
 223         d = {}
 224
 225         d['average_alignment_score'] = lrs.average_alignment_score
 226         d['average_first_cycle_intensity'] = lrs.average_first_cycle_intensity
 227         d['cluster'] = lrs.cluster
 228         d['lane'] = lrs.lane
 229         d['flowcell'] = flowcell_id
 230         d['percent_error_rate'] = lrs.percent_error_rate
 231         d['percent_intensity_after_20_cycles'] = lrs.percent_intensity_after_20_cycles
 232         d['percent_pass_filter_align'] = lrs.percent_pass_filter_align
 233         d['percent_pass_filter_clusters'] = lrs.percent_pass_filter_clusters
 234
 235         #FIXME: function finished, but need to take advantage of
 236         #   may need to take in a list of lanes so we only have to
 237         #   load the xml file once per flowcell rather than once
 238         #   per lane.
 239         dict_list.append(d)
 240
 241     return (dict_list, err_list)
 242
 243
 244
 245
 246 def _files(flowcell_id, lane):
 247     """
 248     Sets up available files for download
 249     """
 250     flowcell_id = flowcellIdStrip(flowcell_id)
 251     d = get_flowcell_result_dict(flowcell_id)
 252
 253     if d is None:
 254         return ''
 255
 256     output = []
 257
 258     # c_name == 'CN-M' (i.e. C1-33)
 259     for c_name in d:
 260
 261         if d[c_name]['summary'] is not None:
 262             output.append('<a href="/results/%s/%s/summary/">summary(%s)</a>' \
 263                           % (flowcell_id, c_name, c_name))
 264
 265         erd = d[c_name]['eland_results']
 266
 267         if int(lane) in erd:
 268             output.append('<a href="/results/%s/%s/eland_result/%s">eland_result(%s)</a>' % (flowcell_id, c_name, lane, c_name))
 269             output.append('<a href="/results/%s/%s/bedfile/%s">bedfile(%s)</a>' % (flowcell_id, c_name, lane, c_name))
 270
 271     if len(output) == 0:
 272         return ''
 273
 274     return '(' + '|'.join(output) + ')'
 275