gaworkflow/frontend/fctracker/views.py

   1 # Create your views here.
   2 from gaworkflow.frontend.fctracker.models import Library
   3 from gaworkflow.frontend.fctracker.results import get_flowcell_result_dict, flowcellIdStrip
   4 from gaworkflow.frontend import settings
   5 from gaworkflow.util import makebed
   6 from gaworkflow.util import opener
   7 from django.http import HttpResponse
   8
   9 import StringIO
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  11 #from django.db.models import base
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  13 def library(request):
  14     library_list = Library.objects.all() #.order_by('-pub_date')
  15     rep_string = '<a href="/library/%s/">%s - %s (%s)</a>'
  16     output = '<br />\n'.join([rep_string \
  17       % (l.library_id,
  18          l.library_id,
  19          l.library_name,
  20          l.library_species.scientific_name) for l in library_list])
  21     return HttpResponse(output)
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  23 def library_to_flowcells(request, lib_id):
  24
  25     try:
  26       lib = Library.objects.get(library_id=lib_id)
  27     except:
  28       return HttpResponse("Library %s does not exist" % (lib_id))
  29
  30     output = []
  31
  32     output.append('<b>Library ID:</b> %s' % (lib.library_id))
  33     output.append('<b>Name:</b> %s' % (lib.library_name))
  34     output.append('<b>Species:</b> %s' % (lib.library_species.scientific_name))
  35     output.append('')
  36
  37     output.append('<b>FLOWCELL - LANE:</b>')
  38
  39     output.extend([ '%s - Lane 1 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 1)) for fc in lib.lane_1_library.all() ])
  40     output.extend([ '%s - Lane 2 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 2)) for fc in lib.lane_2_library.all() ])
  41     output.extend([ '%s - Lane 3 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 3)) for fc in lib.lane_3_library.all() ])
  42     output.extend([ '%s - Lane 4 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 4)) for fc in lib.lane_4_library.all() ])
  43     output.extend([ '%s - Lane 5 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 5)) for fc in lib.lane_5_library.all() ])
  44     output.extend([ '%s - Lane 6 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 6)) for fc in lib.lane_6_library.all() ])
  45     output.extend([ '%s - Lane 7 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 7)) for fc in lib.lane_7_library.all() ])
  46     output.extend([ '%s - Lane 8 %s' % (fc.flowcell_id, _files(fc.flowcell_id, 8)) for fc in lib.lane_8_library.all() ])
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  48     record_count = lib.lane_1_library.count() + \
  49                     lib.lane_2_library.count() + \
  50                     lib.lane_3_library.count() + \
  51                     lib.lane_4_library.count() + \
  52                     lib.lane_5_library.count() + \
  53                     lib.lane_6_library.count() + \
  54                     lib.lane_7_library.count() + \
  55                     lib.lane_8_library.count()
  56
  57     if record_count == 0:
  58         output.append("None Found")
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  60     return HttpResponse('<br />\n'.join(output))
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  63 def summaryhtm_fc_cnm(request, fc_id, cnm):
  64     """
  65     returns a Summary.htm file if it exists.
  66     """
  67     fc_id = flowcellIdStrip(fc_id)
  68     d = get_flowcell_result_dict(fc_id)
  69
  70     if d is None:
  71         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s not found.' % (fc_id))
  72
  73     if cnm not in d:
  74         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s not found.' % (fc_id, cnm))
  75
  76     summary_filepath = d[cnm]['summary']
  77
  78     if summary_filepath is None:
  79         return HttpResponse('<b>Summary.htm for Flowcell %s; %s not found.' % (fc_id, cnm))
  80
  81     f = open(summary_filepath, 'r')
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  83     return HttpResponse(f)
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  86 def result_fc_cnm_eland_lane(request, fc_id, cnm, lane):
  87     """
  88     returns an eland_file upon calling.
  89     """
  90     fc_id = flowcellIdStrip(fc_id)
  91     d = get_flowcell_result_dict(fc_id)
  92
  93     if d is None:
  94         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s not found.' % (fc_id))
  95
  96     if cnm not in d:
  97         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s not found.' % (fc_id, cnm))
  98
  99     erd = d[cnm]['eland_results']
 100     lane = int(lane)
 101
 102     if lane not in erd:
 103         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s; lane %s not found.' % (fc_id, cnm, lane))
 104
 105     filepath = erd[lane]
 106
 107     f = opener.autoopen(filepath, 'r')
 108
 109     return HttpResponse(f, mimetype="application/x-elandresult")
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 112 def bedfile_fc_cnm_eland_lane_ucsc(request, fc_id, cnm, lane):
 113     """
 114     returns a bed file for a given flowcell, CN-M (i.e. C1-33), and lane (ucsc compatible)
 115     """
 116     return bedfile_fc_cnm_eland_lane(request, fc_id, cnm, lane, ucsc_compatible=True)
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 119 def bedfile_fc_cnm_eland_lane(request, fc_id, cnm, lane, ucsc_compatible=False):
 120     """
 121     returns a bed file for a given flowcell, CN-M (i.e. C1-33), and lane
 122     """
 123     fc_id = flowcellIdStrip(fc_id)
 124     d = get_flowcell_result_dict(fc_id)
 125
 126     if d is None:
 127         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s not found.' % (fc_id))
 128
 129     if cnm not in d:
 130         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s not found.' % (fc_id, cnm))
 131
 132     erd = d[cnm]['eland_results']
 133     lane = int(lane)
 134
 135     if lane not in erd:
 136         return HttpResponse('<b>Results for Flowcell %s; %s; lane %s not found.' % (fc_id, cnm, lane))
 137
 138     filepath = erd[lane]
 139
 140     # Eland result file
 141     fi = opener.autoopen(filepath, 'r')
 142     # output memory file
 143
 144
 145     name, description = makebed.make_description(settings.DATABASE_NAME,
 146                                                  fc_id,
 147                                                  lane)
 148
 149     bedgen = makebed.make_bed_from_eland_stream_generator(fi, name, description)
 150
 151     if ucsc_compatible:
 152         return HttpResponse(bedgen)
 153     else:
 154         return HttpResponse(bedgen, mimetype="application/x-bedfile")
 155
 156
 157 def _files(flowcell_id, lane):
 158     """
 159     Sets up available files for download
 160     """
 161     flowcell_id = flowcellIdStrip(flowcell_id)
 162     d = get_flowcell_result_dict(flowcell_id)
 163
 164     if d is None:
 165         return ''
 166
 167     output = []
 168
 169     # c_name == 'CN-M' (i.e. C1-33)
 170     for c_name in d:
 171
 172         if d[c_name]['summary'] is not None:
 173             output.append('<a href="/results/%s/%s/summary/">summary(%s)</a>' \
 174                           % (flowcell_id, c_name, c_name))
 175
 176         erd = d[c_name]['eland_results']
 177
 178         if int(lane) in erd:
 179             output.append('<a href="/results/%s/%s/eland_result/%s">eland_result(%s)</a>' % (flowcell_id, c_name, lane, c_name))
 180             output.append('<a href="/results/%s/%s/bedfile/%s">bedfile(%s)</a>' % (flowcell_id, c_name, lane, c_name))
 181
 182     if len(output) == 0:
 183         return ''
 184
 185     return '(' + '|'.join(output) + ')'
 186