htsworkflow/frontend/eland_config/views.py

   1 from django.conf import settings
   2 from django.http import HttpResponse
   3 from django.shortcuts import render_to_response
   4 from django.core.exceptions import ObjectDoesNotExist
   5
   6 from htsworkflow.frontend.eland_config import forms
   7 from htsworkflow.frontend.experiments import models
   8
   9 import os
  10 import glob
  11
  12
  13 def _validate_input(data):
  14   return data.replace('..', '').replace('/', '_').replace('\\', '_')
  15
  16
  17 def getElandConfig(flowcell, regenerate=False):
  18
  19   if hasattr(settings, 'UPLOADTO_CONFIG_FILE'):
  20     dest = settings.UPLOADTO_CONFIG_FILE
  21   else:
  22     dest = '/tmp'
  23   file_path = os.path.join(dest, flowcell)
  24
  25   #If we are regenerating the config file, skip
  26   # reading of existing file. If the file doesn't
  27   # exist, try to generate it form the DB.
  28   if not regenerate and os.path.isfile(file_path):
  29     f = open(file_path, 'r')
  30     data = f.read()
  31     f.close()
  32     return data
  33
  34   try:
  35     fcObj = models.FlowCell.objects.get(flowcell_id__iexact=flowcell)
  36   except ObjectDoesNotExist:
  37     return None
  38
  39   data = []
  40
  41   #form = form.cleaned_data
  42
  43   BASE_DIR = '/data-store01/compbio/genomes'
  44
  45   data.append("# FLOWCELL: %s" % (fcObj.flowcell_id))
  46   data.append("#")
  47
  48   notes = fcObj.notes.replace('\r\n', '\n').replace('\r', '\n')
  49   notes = notes.replace('\n', '\n#  ')
  50   data.append("# NOTES:")
  51   data.append("#  %s\n#" % (notes))
  52
  53   #Convert all newline conventions to unix style
  54   for lane in fcObj.lane_set.all():
  55     data.append("# Lane%d: %s | %s" % \
  56       (lane.lane_number, unicode(lane.library.id),  lane.library.library_name.replace('%', '%%')))
  57
  58   #data.append("GENOME_DIR %s" % (BASE_DIR))
  59   #data.append("CONTAM_DIR %s" % (BASE_DIR))
  60   read_length = fcObj.read_length
  61   #data.append("ELAND_REPEAT")
  62   data.append("ELAND_MULTIPLE_INSTANCES 8")
  63
  64   #Construct genome dictionary to figure out what lanes to put
  65   # in the config file.
  66   genome_dict = {}
  67
  68   #l1s = form['lane1_species']
  69   for lane in fcObj.lane_set.all():
  70     species = lane.library.library_species.scientific_name
  71     genome_dict.setdefault(species, []).append(unicode(lane.lane_number))
  72
  73   genome_list = genome_dict.keys()
  74   genome_list.sort()
  75
  76   #Loop through and create entries for each species.
  77   for genome in genome_list:
  78     lanes = ''.join(genome_dict[genome])
  79     if fcObj.paired_end:
  80         data.append('%s:ANALYSIS eland_pair' % (lanes))
  81     else:
  82         data.append('%s:ANALYSIS eland_extended' % (lanes))
  83     data.append('%s:READ_LENGTH %s' % (lanes, read_length))
  84     data.append('%s:ELAND_GENOME %s' % (lanes, '%%(%s)s' % (genome)))
  85     data.append('%s:USE_BASES %s' % (lanes, 'Y'*int(read_length)))
  86
  87   data.append('SEQUENCE_FORMAT --fastq')
  88   data.append('') # want a trailing newline
  89
  90   data = '\n'.join(data)
  91
  92   f = open(file_path, 'w')
  93   f.write(data)
  94   f.close()
  95
  96   return data
  97
  98
  99 def config(request, flowcell=None):
 100   """
 101   Returns eland config file for a given flowcell number,
 102   or returns a list of available flowcell numbers.
 103   """
 104
 105   # Provide INDEX of available Flowcell config files.
 106   if flowcell is None:
 107     #Find all FC* config files and report an index html file
 108     #fc_list = [ os.path.split(file_path)[1] for file_path in glob.glob(os.path.join(settings.UPLOADTO_CONFIG_FILE, 'FC*')) ]
 109     fc_list = [ fc.flowcell_id for fc in models.FlowCell.objects.all() ]
 110
 111     #Convert FC* list to html links
 112     fc_html = [ '<a href="/eland_config/%s/">%s</a>' % (fc_name, fc_name) for fc_name in fc_list ]
 113
 114     return HttpResponse('<br />'.join(fc_html))
 115
 116   #FIXME: Should validate flowcell input before using.
 117   flowcell = _validate_input(flowcell)
 118   cfg = getElandConfig(flowcell, regenerate=True)
 119
 120   if not cfg:
 121     return HttpResponse("Hmm, config file for %s does not seem to exist." % (flowcell))
 122
 123   return HttpResponse(cfg, mimetype="text/plain")