qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5
   6 #include <QMainWindow>
   7 #include <QPixmap>
   8 #include <QSpinBox>
   9 #include <QToolBar>
  10
  11 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  12 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  14 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  15
  16 class QAction;
  17 class QLabel;
  18 class Mussa;
  19
  20 class MussaWindow : public QMainWindow
  21 {
  22   Q_OBJECT
  23
  24 public:
  25   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  26
  27   //! switch to a new analysis
  28   void setAnalysis(Mussa *new_analysis);
  29 public slots:
  30   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  31   void about();
  32
  33   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  34   //\@{
  35   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  36   void createNewAnalysis();
  37   //! launch a sub analysis
  38   void createSubAnalysis();
  39   //\@}
  40
  41   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  42   //\@{
  43   //! load motifs
  44   void editMotifs();
  45   void loadMotifList();
  46   void saveMotifList();
  47   void toggleMotifs();
  48   //\@}
  49
  50   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  51   void loadMupa();
  52   //! load a previously run analysis
  53   void loadSavedAnalysis();
  54   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  55   void setSoftThreshold(int thres);
  56
  57   void showMussaToolbar();
  58
  59   //! open new window showing our alignment
  60   void viewMussaAlignment();
  61
  62 signals:
  63   void changedAnnotations();
  64
  65 protected:
  66   Mussa *analysis;
  67   std::list<MussaAlignedWindow *> aligned_windows;
  68   MotifEditor *motif_editor;
  69
  70   // display our wonderful mussa output
  71   SequenceBrowserWidget browser;
  72   QToolBar mussaViewTB;
  73   QSpinBox zoomBox;
  74   ThresholdWidget threshold;
  75   QLabel zoomLabel;
  76
  77
  78   QAction *aboutAction;
  79   QAction *closeAction;
  80   QAction *createNewAnalysisAction;
  81   QAction *createSubAnalysisAction;
  82   QAction *editMotifsAction;
  83   QAction *loadMotifListAction;
  84   QAction *loadMupaAction;
  85   QAction *loadSavedAnalysisAction;
  86   QAction *saveMotifListAction;
  87   QAction *showMussaViewToolbarAction;
  88   QAction *toggleMotifsAction;
  89   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  90   QAction *whatsThisAction;
  91   QAction *viewMussaAlignmentAction;
  92
  93   //! initialze the actions
  94   void setupActions();
  95   //! initialize this windows menu object
  96   void setupMainMenu();
  97   //! stub function to fill in QActions
  98   void NotImplementedBox();
  99
 100 protected slots:
 101   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 102   void updateAnalysis();
 103   //! update the view of conserved windows
 104   void updateLinks();
 105   //! update annotations?
 106   void updateAnnotations();
 107 };
 108
 109 #endif