templates/summary_stats.html

   1 <hr/>
   2 <br/>
   3 <style type="text/css">
   4   /* <![CDATA[ */
   5   table, td {
   6     border-style: solid;
   7   }
   8   table {
   9     border-width: 0 0 1px 1px;
  10     border-spacing: 0;
  11     border-collapse: collapse;
  12   }
  13   td {
  14     margin: 0;
  15     padding: 4px;
  16     border-width: 1px 1px 0 0;
  17   }
  18   thead {
  19     text-align: center;
  20     }
  21   tbody {
  22     text-align: right;
  23   }
  24   /* ]]> */
  25 </style>
  26
  27 {% block summary_stats %}
  28 <table>
  29   <thead>
  30     <tr>
  31       <td colspan="6"></td>
  32       <td colspan="2">No Match</td>
  33       <td colspan="2">QC Failed</td>
  34       <td colspan="4">Unique</td>
  35       <td colspan="4">Repeat</td>
  36     </tr>
  37     <tr>
  38     <td>Cycles</td>
  39     <td>Flowcell</td>
  40     <td>Lane</td>
  41     <td>End</td>
  42     <td>Clusters</td>
  43     <td>Raw Reads</td>
  44     <td>total</td>
  45     <td>%</td>
  46     <td>total</td>
  47     <td>%</td>
  48     <td>0 mismatch</td>
  49     <td>1 mismatch</td>
  50     <td>2 mismatch</td>
  51     <td>Total</td>
  52     <td>0 mismatch</td>
  53     <td>1 mismatch</td>
  54     <td>2 mismatch</td>
  55     <td>Total</td>
  56     </tr>
  57   </thead>
  58   <tbody>
  59
  60     {% for lane in lane_summary_list %}
  61     <tr>
  62       <td>{{ lane.cycle_width }}</td>
  63       <td>{{ lane.flowcell_id }}</td>
  64       <td>{{ lane.lane_id }}</td>
  65       <td>{% if lane.end %}{{ lane.end }}{% endif %}</td>
  66       <td>{{ lane.clusters.0 }} &plusmn; {{ lane.clusters.1 }}</td>
  67       <td>{{ lane.reads }}</td>
  68       <td>{{ lane.no_match }}</td>
  69       <td>{{ lane.no_match_percent|stringformat:".2f" }}</td>
  70       <td>{{ lane.qc_failed }}</td>
  71       <td>{{ lane.qc_failed_percent|stringformat:".2f" }}</td>
  72       <td>{{ lane.match_codes.U0 }}</td>
  73       <td>{{ lane.match_codes.U1 }}</td>
  74       <td>{{ lane.match_codes.U2 }}</td>
  75       <td>{{ lane.unique_reads }}</td>
  76       <td>{{ lane.match_codes.R0 }}</td>
  77       <td>{{ lane.match_codes.R1 }}</td>
  78       <td>{{ lane.match_codes.R2 }}</td>
  79       <td>{{ lane.repeat_reads }}</td>
  80     </tr>
  81     {% endfor %}
  82   </tbody>
  83 </table>
  84 <br/>
  85 <hr/>
  86 {% for lane in lane_summary_list %}
  87 <h2>
  88   {{lane.cycle_width}} {{ lane.flowcell_id }} lane {{ lane.lane_id }}
  89   {% if lane.end %} end {{ lane.end }}{% endif %}
  90 </h2>
  91   <ul>
  92     {% for name, counts in lane.summarized_reads.items %}
  93     <li><b>{{ name }}</b>: {{ counts }}</li>
  94     {% endfor %}
  95   </ul>
  96 {% endfor %}
  97 {% endblock %}