[project @ 15]

As mussa is a c++ program switch from using $(CC) to $(CXX) for compilations

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 2ba3936f4e9acb7e226ebbc30da41815b339e2f9..99b3bec03a14ffb83f5b841396eafad462ff7632 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -25,68 +25,63 @@ LDFLAGS= -L/usr/lib/fltk-1.1/ -lfltk -L/usr/X11R6/lib -lX11 -lXft
 # to check for memory leaks
 MEMFLAG= -lefence
 
-CC=g++
-#CC=g++-2.95
-#CC=g++-3.0
-#CC=g++-3.2
-
 all: mussa
 
 sequence.o : sequence.cc sequence.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c sequence.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c sequence.cc
 
 flp.o : flp.cc flp.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c flp.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c flp.cc
 
 flp_seqcomp.o : flp_seqcomp.cc flp.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c flp_seqcomp.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c flp_seqcomp.cc
 
 seqcomp : seqcomp.cc flp.o flp_seqcomp.o sequence.o
-       $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -o seqcomp seqcomp.cc flp.o flp_seqcomp.o sequence.o
+       $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -o seqcomp seqcomp.cc flp.o flp_seqcomp.o sequence.o
 
 mussa_nway.o : mussa_nway.cc mussa_nway.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c mussa_nway.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c mussa_nway.cc
 
 mussa_nway_other.o : mussa_nway_other.cc mussa_nway.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c mussa_nway_other.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c mussa_nway_other.cc
 
 mussa_nway_entropy.o : mussa_nway_entropy.cc mussa_nway.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c mussa_nway_entropy.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c mussa_nway_entropy.cc
 
 mussa_class.o : mussa_class.cc mussa_class.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_class.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_class.cc
 
 mussan : sequence.o flp.o flp_seqcomp.o mussa_nway.o mussa_class.o \
                mussa_overlord.o mussa.cc  
-       $(CC) $(CFLAGS) -o mussa mussa.cc mussa_overlord.o \
+       $(CXX) $(CFLAGS) -o mussa mussa.cc mussa_overlord.o \
                mussa_class.o mussa_nway.o flp_seqcomp.o flp.o sequence.o  $(LDFLAGS)
 
 mussa_gui_seq_view.o : mussa_gui_seq_view.cc mussa_gui_seq_view.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_seq_view.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_seq_view.cc
 
 mussa_gui_seq.o : mussa_gui_seq.cc mussa_gui_seq.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_seq.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_seq.cc
 
 mussa_gui_seq_text.o : mussa_gui_seq_text.cc mussa_gui_seq_text.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_seq_text.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_seq_text.cc
 
 mussa_gui_motif_window.o : mussa_gui_motif_window.cc mussa_gui_motif_window.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_motif_window.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_motif_window.cc
 
 mussa_gui_annot_window.o : mussa_gui_annot_window.cc mussa_gui_annot_window.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_annot_window.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_annot_window.cc
 
 mussa_gui_load_window.o : mussa_gui_load_window.cc mussa_gui_load_window.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_load_window.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_load_window.cc
 
 mussa_gui_subana.o : mussa_gui_subana.cc mussa_gui_subana.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_subana.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_subana.cc
 
 mussa_gui_conn_view.o : mussa_gui_conn_view.cc mussa_gui_conn_view.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) -O -c mussa_gui_conn_view.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) -O -c mussa_gui_conn_view.cc
 
 mussa_gui_conn_window.o : mussa_gui_conn_window.cc mussa_gui_conn_window.hh
-       $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_conn_window.cc
+       $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_gui_conn_window.cc
 
 mussa : sequence.o flp.o flp_seqcomp.o \
                mussa_nway.o mussa_nway_other.o \
@@ -97,7 +92,7 @@ mussa : sequence.o flp.o flp_seqcomp.o \
                mussa_gui_seq_text.o \
                mussa_gui_conn_view.o mussa_gui_conn_window.o \
                mussa.cc  
-       $(CC) $(CFLAGS) -o mussa mussa.cc \
+       $(CXX) $(CFLAGS) -o mussa mussa.cc \
                mussa_gui_conn_view.o mussa_gui_conn_window.o \
                mussa_gui_seq_text.o \
                mussa_gui_subana.o mussa_gui_load_window.o \
@@ -109,15 +104,15 @@ mussa : sequence.o flp.o flp_seqcomp.o \
 
 
 clean :
-       rm *.o
+       rm *.o 
 
 cleaner :
        rm *~
 
 #mussa_overlord.o : mussa_overlord.cc mussa_overlord.hh
-#      $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_overlord.cc
+#      $(CXX) $(CFLAGS) -c mussa_overlord.cc
 
 
 
 annot_test : sequence.o annot_test.cc
-       $(CC) $(CFLAGS) -o annot_test annot_test.cc sequence.o
+       $(CXX) $(CFLAGS) -o annot_test annot_test.cc sequence.o