SeqAn-1.1/seqan/basic/basic_alphabet_simple_tabs.h

   1  /*==========================================================================
   2                 SeqAn - The Library for Sequence Analysis
   3                           http://www.seqan.de
   4  ============================================================================
   5   Copyright (C) 2007
   6
   7   This library is free software; you can redistribute it and/or
   8   modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   9   License as published by the Free Software Foundation; either
  10   version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11
  12   This library is distributed in the hope that it will be useful,
  13   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  15   Lesser General Public License for more details.
  16
  17  ============================================================================
  18   $Id: basic_alphabet_simple_tabs.h,v 1.1 2008/08/25 16:20:02 langmead Exp $
  19  ==========================================================================*/
  20
  21 #ifndef SEQAN_HEADER_BASIC_ALPHABET_SIMPLE_TABS_H
  22 #define SEQAN_HEADER_BASIC_ALPHABET_SIMPLE_TABS_H
  23
  24
  25 namespace SEQAN_NAMESPACE_MAIN
  26 {
  27 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28
  29 //use same tables for Dna
  30
  31 template <typename T = void>
  32 struct _Translate_Table_Dna5_2_Ascii
  33 {
  34         static char const VALUE[5];
  35 };
  36 template <typename T>
  37 char const _Translate_Table_Dna5_2_Ascii<T>::VALUE[5] = {'A', 'C', 'G', 'T', 'N'};
  38
  39 //____________________________________________________________________________
  40
  41 template <typename T = void>
  42 struct _Translate_Table_Dna5_2_Iupac
  43 {
  44         static char const VALUE[5];
  45 };
  46 template <typename T>
  47 char const _Translate_Table_Dna5_2_Iupac<T>::VALUE[5] = {0x02, 0x04, 0x08, 0x01, 0x0f};
  48
  49 //____________________________________________________________________________
  50
  51 template <typename T = void>
  52 struct _Translate_Table_Iupac_2_Ascii
  53 {
  54         static char const VALUE[16];
  55 };
  56 template <typename T>
  57 char const _Translate_Table_Iupac_2_Ascii<T>::VALUE[16] =
  58 {
  59         'U', //0000=0
  60         'T', //0001=1 //T=1: change between U and T is just inc/dec
  61         'A', //0010=2
  62         'W', //0011=3 TA
  63         'C', //0100=4
  64         'Y', //0101=5 TC (pyrimidine)
  65         'M', //0110=6 AC
  66         'H', //0111=7 not-G
  67         'G', //1000=8
  68         'K', //1001=9 TG
  69         'R', //1010=A AG (purine)
  70         'D', //1011=B not-C
  71         'S', //1100=C CG
  72         'B', //1101=D non-A
  73         'V', //1110=E non-T
  74         'N'  //1111=F any
  75 };
  76
  77 //____________________________________________________________________________
  78
  79 template <typename T = void>
  80 struct _Translate_Table_Iupac_2_Dna
  81 {
  82         static char const VALUE[16];
  83 };
  84 template <typename T>
  85 char const _Translate_Table_Iupac_2_Dna<T>::VALUE[16] =
  86 {
  87         3, //'U'
  88         3, //'T'
  89         0, //'A'
  90         0, //'W' = TA
  91         1, //'C'
  92         1, //'Y' = TC
  93         0, //'M' = AC
  94         0, //'H' = not-G
  95         2, //'G'
  96         2, //'K' = TG
  97         0, //'R' = AG
  98         0, //'D' = not-C
  99         1, //'S' = CG
 100         1, //'B' = non-A
 101         0, //'V' = non-T
 102         0  //'N' = any
 103 };
 104
 105 //____________________________________________________________________________
 106
 107
 108 template <typename T = void>
 109 struct _Translate_Table_Iupac_2_Dna5
 110 {
 111         static char const VALUE[16];
 112 };
 113 template <typename T>
 114 char const _Translate_Table_Iupac_2_Dna5<T>::VALUE[16] =
 115 {
 116         3, //'U'
 117         3, //'T'
 118         0, //'A'
 119         4, //'W' = TA
 120         1, //'C'
 121         4, //'Y' = TC
 122         4, //'M' = AC
 123         4, //'H' = not-G
 124         2, //'G'
 125         4, //'K' = TG
 126         4, //'R' = AG
 127         4, //'D' = not-C
 128         4, //'S' = CG
 129         4, //'B' = non-A
 130         4, //'V' = non-T
 131         4  //'N' = any
 132 };
 133
 134 //____________________________________________________________________________
 135
 136 template <typename T = void>
 137 struct _Translate_Table_Ascii_2_Dna
 138 {
 139         static char const VALUE[256];
 140 };
 141 template <typename T>
 142 char const _Translate_Table_Ascii_2_Dna<T>::VALUE[256] =
 143 {
 144         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //0
 145         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //1
 146         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //2
 147         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //3
 148
 149         0,   0,   0,   1,   0,   0,   0,   2,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //4
 150 //       ,   A,   B,   C,   D,   E,   D,   G,   H,   I,   J,   K,   L,   M,   N,   O,
 151
 152         0,   0,   0,   0,   3,   3,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //5
 153 //      P,   Q,   R,   S,   T,   U,   V,   W,   X,   Y,   Z,    ,    ,    ,    ,
 154
 155         0,   0,   0,   1,   0,   0,   0,   2,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //6
 156 //   ,   a,   b,   c,   d,   e,   f,   g,   h,   i,   j,   k,   l,   m,   n,   o,
 157
 158         0,   0,   0,   0,   3,   3,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //7
 159 //  p,   q,   r,   s,   t,   u,   v,   w,   x,   y,   z,    ,    ,    ,    ,
 160
 161         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //8
 162         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //9
 163         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //10
 164         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //11
 165         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //12
 166         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //13
 167         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //14
 168         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0  //15
 169 };
 170
 171 //____________________________________________________________________________
 172
 173
 174 template <typename T = void>
 175 struct _Translate_Table_Ascii_2_Dna5
 176 {
 177         static char const VALUE[256];
 178 };
 179 template <typename T>
 180 char const _Translate_Table_Ascii_2_Dna5<T>::VALUE[256] =
 181 {
 182         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //0
 183         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //1
 184         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //2
 185         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //3
 186
 187         4,   0,   4,   1,   4,   4,   4,   2,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //4
 188 //       ,   A,   B,   C,   D,   E,   D,   G,   H,   I,   J,   K,   L,   M,   N,   O,
 189
 190         4,   4,   4,   4,   3,   3,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //5
 191 //      P,   Q,   R,   S,   T,   U,   V,   W,   X,   Y,   Z,    ,    ,    ,    ,
 192
 193         4,   0,   4,   1,   4,   4,   4,   2,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //6
 194 //   ,   a,   b,   c,   d,   e,   f,   g,   h,   i,   j,   k,   l,   m,   n,   o,
 195
 196         4,   4,   4,   4,   3,   3,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //7
 197 //  p,   q,   r,   s,   t,   u,   v,   w,   x,   y,   z,    ,    ,    ,    ,
 198
 199         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //8
 200         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //9
 201         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //10
 202         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //11
 203         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //12
 204         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //13
 205         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //14
 206         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4  //15
 207 };
 208
 209 //____________________________________________________________________________
 210
 211
 212 template <typename T = void>
 213 struct _Translate_Table_Ascii_2_Iupac
 214 {
 215         static char const VALUE[256];
 216 };
 217 template <typename T>
 218 char const _Translate_Table_Ascii_2_Iupac<T>::VALUE[256] =
 219 {
 220         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //0
 221         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //1
 222         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //2
 223         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //3
 224
 225         15,   2,  13,   4,  11,  15,  15,   8,   7,  15,  15,   9,  15,   6,  15,  15, //4
 226         //   ,   A,   B,   C,   D,   E,   F,   G,   H,   I,   J,   K,   L,   M,   N,   O,
 227
 228         15,  15,  10,  12,   1,   0,  14,   3,  15,   5,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //5
 229         //  P,   Q,   R,   S,   T,   U,   V,   W,   X,   Y,   Z,    ,    ,    ,    ,
 230
 231         15,   2,  13,   4,  11,  15,  15,   8,   7,  15,  15,   9,  15,   6,  15,  15, //6
 232         //   ,   a,   b,   c,   d,   e,   f,   g,   h,   i,   j,   k,   l,   m,   n,   o,
 233
 234         15,  15,  10,  12,   1,   0,  14,   3,  15,   5,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //7
 235         //  p,   q,   r,   s,   t,   u,   v,   w,   x,   y,   z,    ,    ,    ,    ,
 236
 237         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //8
 238         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //9
 239         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //10
 240         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //11
 241         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //12
 242         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //13
 243         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //14
 244         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15  //15
 245 };
 246
 247 //____________________________________________________________________________
 248
 249 template <typename T = void>
 250 struct _Translate_Table_Byte_2_Dna
 251 {
 252         static char const VALUE[256];
 253 };
 254 template <typename T>
 255 char const _Translate_Table_Byte_2_Dna<T>::VALUE[256] =
 256 {
 257         0,   1,   2,   3,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //0
 258         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //1
 259         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //2
 260         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //3
 261         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //4
 262         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //5
 263         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //6
 264         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //7
 265         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //8
 266         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //9
 267         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //10
 268         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //11
 269         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //12
 270         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //13
 271         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, //14
 272         0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0  //15
 273 };
 274
 275 //____________________________________________________________________________
 276
 277
 278 template <typename T = void>
 279 struct _Translate_Table_Byte_2_Dna5
 280 {
 281         static char const VALUE[256];
 282 };
 283 template <typename T>
 284 char const _Translate_Table_Byte_2_Dna5<T>::VALUE[256] = {
 285         0,   1,   2,   3,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //0
 286         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //1
 287         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //2
 288         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //3
 289         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //4
 290         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //5
 291         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //6
 292         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //7
 293         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //8
 294         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //9
 295         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //10
 296         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //11
 297         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //12
 298         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //13
 299         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4, //14
 300         4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4,   4  //15
 301 };
 302
 303 //____________________________________________________________________________
 304
 305
 306 template <typename T = void>
 307 struct _Translate_Table_Byte_2_Iupac
 308 {
 309         static char const VALUE[256];
 310 };
 311 template <typename T>
 312 char const _Translate_Table_Byte_2_Iupac<T>::VALUE[256] =
 313 {
 314         0,   1,   2,   3,   4,   5,   6,   7,   8,   9,  10,  11,  12,  13,  14,  15, //0
 315         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //1
 316         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //2
 317         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //3
 318         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //4
 319         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //5
 320         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //6
 321         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //7
 322         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //8
 323         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //9
 324         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //10
 325         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //11
 326         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //12
 327         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //13
 328         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15, //14
 329         15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15,  15  //15
 330 };
 331
 332 //____________________________________________________________________________
 333
 334
 335 template <typename T = void>
 336 struct _Translate_Table_AA_2_Ascii
 337 {
 338         static char const VALUE[24];
 339 };
 340 template <typename T>
 341 char const _Translate_Table_AA_2_Ascii<T>::VALUE[24] =
 342 {
 343         'A', // 0 Ala Alanine
 344         'R', // 1 Arg Arginine
 345         'N', // 2 Asn Asparagine
 346         'D', // 3 Asp Aspartic Acid
 347         'C', // 4 Cys Cystine
 348         'Q', // 5 Gln Glutamine
 349         'E', // 6 Glu Glutamic Acid
 350         'G', // 7 Gly Glycine
 351         'H', // 8 His Histidine
 352         'I', // 9 Ile Isoleucine
 353         'L', //10 Leu Leucine
 354         'K', //11 Lys Lysine
 355         'M', //12 Met Methionine
 356         'F', //13 Phe Phenylalanine
 357         'P', //14 Pro Proline
 358         'S', //15 Ser Serine
 359         'T', //16 Thr Threonine
 360         'W', //17 Trp Tryptophan
 361         'Y', //18 Tyr Tyrosine
 362         'V', //19 Val Valine
 363         'B', //20 Aspartic Acid, Asparagine
 364         'Z', //21 Glutamic Acid, Glutamine
 365         'X', //22 Unknown
 366         '*'  //23 Terminator
 367 };
 368
 369 //____________________________________________________________________________
 370
 371
 372 template <typename T = void>
 373 struct _Translate_Table_Ascii_2_AA
 374 {
 375         static char const VALUE[256];
 376 };
 377 template <typename T>
 378 char const _Translate_Table_Ascii_2_AA<T>::VALUE[256] =
 379 {
 380         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //0
 381         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //1
 382         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  23,  22,  22,  22,  22,  22, //2
 383 //                                                                                                         *
 384         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //3
 385         22,   0,  20,   4,   3,   6,  13,   7,   8,   9,  22,  11,  10,  12,   2,  22, //4
 386 //    ,   A,   B,   C,   D,   E,   F,   G,   H,   I,   J,   K,   L,   M,   N,   O,
 387
 388         14,   5,   1,  15,  16,  22,  19,  17,  22,  18,  21,  22,  22,  22,  22,  22, //5
 389 //   P,   Q,   R,   S,   T,   U,   V,   W,   X,   Y,   Z,    ,    ,    ,    ,    ,
 390
 391         22,   0,  20,   4,   3,   6,  13,   7,   8,   9,  22,  11,  10,  12,   2,  22, //6
 392 //    ,   a,   b,   c,   d,   e,   f,   g,   h,   i,   j,   k,   l,   m,   n,   o,
 393
 394         14,   5,   1,  15,  16,  22,  19,  17,  22,  18,  21,  22,  22,  22,  22,  22, //7
 395 //   p,   q,   r,   s,   t,   u,   v,   w,   x,   y,   z,    ,    ,    ,    ,    ,
 396
 397         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //8
 398         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //9
 399         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //10
 400         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //11
 401         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //12
 402         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //13
 403         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //14
 404         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22  //15
 405 };
 406
 407 //____________________________________________________________________________
 408
 409
 410 template <typename T = void>
 411 struct _Translate_Table_Byte_2_AA
 412 {
 413         static char const VALUE[256];
 414 };
 415 template <typename T>
 416 char const _Translate_Table_Byte_2_AA<T>::VALUE[256] =
 417 {
 418         0,   1,   2,   3,   4,   5,   6,   7,   8,   9,  10,  11,  12,  13,  14,  15, //0
 419         16,  17,  18,  19,  20,  21,  22,  23,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //1
 420         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //2
 421         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //3
 422         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //4
 423         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //5
 424         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //6
 425         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //7
 426         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //8
 427         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //9
 428         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //10
 429         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //11
 430         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //12
 431         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //13
 432         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22, //14
 433         22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22,  22  //15
 434 };
 435
 436 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 437
 438 }//namespace SEQAN_NAMESPACE_MAIN
 439 #endif //#ifndef SEQAN_HEADER_...