SeqAn-1.1/seqan/file.h

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   2                 SeqAn - The Library for Sequence Analysis
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  18   $Id: file.h,v 1.4 2009/03/13 14:51:00 langmead Exp $
  19  ==========================================================================*/
  20
  21 #ifndef SEQAN_HEADER_FILE_H
  22 #define SEQAN_HEADER_FILE_H
  23
  24 //____________________________________________________________________________
  25 // prerequisites
  26
  27 #include <iostream>
  28 #include <climits>
  29 #include <cstdio>
  30 #include <list>
  31 #include <vector>
  32 #include <map>
  33 #include <cmath>
  34
  35 #include <seqan/sequence.h>
  36
  37
  38 //____________________________________________________________________________
  39
  40 #include <seqan/file/file_forwards.h>
  41
  42 #ifdef SEQAN_SWITCH_USE_FORWARDS
  43 #include <seqan/file/file_generated_forwards.h>
  44 #endif
  45
  46 #include <seqan/file/cstream.h>
  47 #include <seqan/file/stream.h>
  48
  49 #include <seqan/file/chunk_collector.h>
  50 #include <seqan/file/meta.h>
  51
  52 //____________________________________________________________________________
  53 // file formats
  54
  55 #include <seqan/file/file_format.h>
  56
  57 #include <seqan/file/stream_algorithms.h>
  58
  59 //file formats for sequences
  60 #include <seqan/file/file_format_raw.h>
  61 #include <seqan/file/file_format_fasta.h>
  62 //#include <seqan/file/file_format_embl.h>
  63 //#include <seqan/file/file_format_genbank.h>
  64
  65 //file formats for alignments
  66 #include <seqan/file/file_format_fasta_align.h>
  67
  68 //others
  69 #include <seqan/file/file_format_cgviz.h>
  70
  71 //____________________________________________________________________________
  72
  73 //#include <seqan/file/file_format_guess.h>
  74
  75 //____________________________________________________________________________
  76 // files
  77
  78 #include <seqan/file/file_base.h>
  79 #include <seqan/file/file_array.h>
  80
  81 //#include <seqan/system.h>     // async file (default file type of File<>)
  82 /*#include <seqan/system/file_sync.h>
  83 #include <seqan/system/system_event.h>
  84 #include <seqan/system/file_async.h>
  85 */
  86 //____________________________________________________________________________
  87 // external string
  88
  89 #endif //#ifndef SEQAN_HEADER_...