SeqAn-1.1/seqan/file/file_format_guess.h

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  17  ============================================================================
  18   $Id: file_format_guess.h,v 1.1 2008/08/25 16:20:04 langmead Exp $
  19  ==========================================================================*/
  20
  21 #ifndef SEQAN_HEADER_FILE_GUESS_H
  22 #define SEQAN_HEADER_FILE_GUESS_H
  23
  24 namespace SEQAN_NAMESPACE_MAIN
  25 {
  26
  27 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // guessFileFormat
  29 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  30
  31 //guessFileFormat braucht auch data, weil die FileFormat-Klasse von TData
  32 //abhaengig, und das ist so, weil sonst die Kombination von Templates mit
  33 //virtuellen Funktionen nicht funktionieren wuerde.
  34 /**
  35 .Function.guessFileFormat:
  36 ..cat:Input/Output
  37 ..summary:Tries to determine the format of a file.
  38 ..signature:guessFileFormat(file, data)
  39 ..param.file: An input file.
  40 ..param.data: The target container.
  41 ...remarks:This container is not modified by this function.
  42 ..returns:A file format object instance that represents the determined file format.
  43 ...type:Class.FileFormat
  44 ..remarks:The $data$-argument is used here as a tag to determine the type of the target.
  45 ..see:Function.Fileformat#read
  46 ..see:Tag.File Format
  47 */
  48 template <typename TFile, typename TData, typename TMeta>
  49 inline FileFormat<TFile, TData, TMeta, void> &
  50 guessFileFormat(TFile & file,
  51                                 TData & data)
  52 {
  53 SEQAN_CHECKPOINT
  54         typename Position<TFile>::Type old_pos = _streamTellG(file);
  55         typename Value<TFile>::Type c;
  56
  57         _streamSeekG(file, 0); /// move to beginning of file
  58         c = _streamGet(file);
  59
  60         if (c=='>')
  61         {
  62                 _streamSeekG(file, old_pos);
  63                 return getFileFormatInstance<TFile, TData, Fasta, TMeta>();
  64         }
  65
  66         if (c=='L')
  67         {
  68                 _streamSeekG(file, old_pos);
  69                 return getFileFormatInstance<TFile, TData, Genbank, TMeta>();
  70         }
  71
  72         if (c=='I')
  73         {
  74                 _streamSeekG(file, old_pos);
  75                 return getFileFormatInstance<TFile, TData, Embl, TMeta>();
  76         }
  77
  78         else
  79         {
  80                 _streamSeekG(file, old_pos);
  81                 return getFileFormatInstance<TFile, TData, Raw, TMeta>();
  82         }
  83 }
  84
  85 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  86
  87 /* DOCH NICHT:
  88 template <typename TTarget, typename TSource>
  89 inline void
  90 read(TTarget & target,
  91          TSource & source)
  92 {
  93 SEQAN_CHECKPOINT
  94         read(target, source, guessFileFormat(target, source));
  95 }
  96 */
  97
  98 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  99 } //namespace SEQAN_NAMESPACE_MAIN
 100
 101 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 102
 103 #endif //#ifndef SEQAN_HEADER_...