SeqAn-1.1/seqan/find.h

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  18   $Id: find.h,v 1.2 2009/03/13 14:44:34 langmead Exp $
  19  ==========================================================================*/
  20
  21 #ifndef SEQAN_HEADER_FIND_H
  22 #define SEQAN_HEADER_FIND_H
  23
  24 //____________________________________________________________________________
  25 // prerequisites
  26
  27 #include <cmath>
  28
  29 #include <deque>
  30
  31 #include <seqan/sequence.h>
  32 //#include <seqan/score.h>
  33 //#include <seqan/graph_types.h>
  34 //#include <seqan/graph_algorithms.h>
  35 //#include <seqan/map.h>
  36
  37 //____________________________________________________________________________
  38
  39 #ifdef SEQAN_SWITCH_USE_FORWARDS
  40 #include <seqan/find/find_generated_forwards.h>
  41 #endif
  42
  43 #include <seqan/find/find_base.h>
  44
  45 //____________________________________________________________________________
  46 // exact pattern matching
  47
  48 #include <seqan/find/find_horspool.h>
  49 //#include <seqan/find/find_shiftand.h>
  50 //#include <seqan/find/find_shiftor.h>
  51 //#include <seqan/find/find_bndm.h>
  52 //#include <seqan/find/find_quasar.h>
  53
  54 //____________________________________________________________________________
  55 // exact pattern matching
  56 //#include <seqan/find/find_wild_shiftand.h>
  57
  58 //____________________________________________________________________________
  59 //multiple pattern search
  60
  61 //#include <seqan/find/find_ahocorasick.h>
  62 #include <seqan/find/find_multiple_shiftand.h>
  63 //#include <seqan/find/find_set_horspool.h>
  64
  65 //#include <seqan/find/find_multi.h> //wegwerfen
  66 //#include <seqan/find/find_wumanber.h> //todo
  67
  68 //____________________________________________________________________________
  69 // approximate pattern matching
  70
  71 #include <seqan/find/find_score.h>
  72 //#include <seqan/find/find_myers_ukkonen.h>
  73 //#include <seqan/find/find_abndm.h>
  74 //#include <seqan/find/find_pex.h>
  75
  76 //#include <seqan/find/find_bom.h>
  77
  78 #endif //#ifndef SEQAN_HEADER_...