SeqAn-1.1/seqan/find/find_multi.h

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  16
  17  ============================================================================
  18   $Id: find_multi.h,v 1.1 2008/08/25 16:20:06 langmead Exp $
  19  ==========================================================================*/
  20
  21 #ifndef SEQAN_HEADER_FIND_MULTI_H
  22 #define SEQAN_HEADER_FIND_MULTI_H
  23
  24 namespace SEQAN_NAMESPACE_MAIN
  25 {
  26
  27 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28
  29 struct _MultipatternFinder;
  30 typedef Tag<_MultipatternFinder> MultipatternFinder;
  31
  32 //____________________________________________________________________________
  33
  34 template <typename THaystack>
  35 class Finder<THaystack, MultipatternFinder>
  36 {
  37 //____________________________________________________________________________
  38 private:
  39         unsigned int data_pattern;
  40
  41 public:
  42         Finder():
  43                 data_pattern(0)
  44         {
  45 SEQAN_CHECKPOINT
  46         }
  47
  48         Finder(Finder const & other_):
  49                 data_pattern(other_.data_pattern)
  50         {
  51 SEQAN_CHECKPOINT
  52         }
  53
  54         ~Finder()
  55         {
  56 SEQAN_CHECKPOINT
  57         }
  58 //____________________________________________________________________________
  59
  60         Finder &
  61         operator = (Finder const & other_)
  62         {
  63 SEQAN_CHECKPOINT
  64                 data_pattern = other_.data_pattern;
  65                 return *this;
  66         }
  67 //____________________________________________________________________________
  68
  69         friend inline unsigned int &
  70         needle(Finder & me)
  71         {
  72 SEQAN_CHECKPOINT
  73                 return me.data_pattern;
  74         }
  75         friend inline unsigned int const &
  76         needle(Finder const & me)
  77         {
  78 SEQAN_CHECKPOINT
  79                 return me.data_pattern;
  80         }
  81 //____________________________________________________________________________
  82
  83         friend inline void
  84         setNeedle(Finder & me, unsigned int const needleIndex_)
  85         {
  86 SEQAN_CHECKPOINT
  87                 me.data_pattern = needleIndex_;
  88         }
  89
  90 //____________________________________________________________________________
  91
  92         friend inline void
  93         init(Finder & me)
  94         {
  95 SEQAN_CHECKPOINT
  96                 me.data_pattern = 0;
  97         }
  98 //____________________________________________________________________________
  99
 100
 101 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 102
 103 template <typename THaystack, typename TNeedle>
 104 friend inline bool
 105 find(Finder & me,
 106          THaystack & hstk,
 107          TNeedle const & ndl)
 108 {
 109 SEQAN_CHECKPOINT
 110         while ( needle(me) < length(ndl) )
 111         {
 112                 Finder<THaystack, Horspool> horspool(ndl[needle(me)]);
 113                 bool found = find(horspool, hstk, ndl[needle(me)]);
 114                 if (found)
 115                 {
 116                         return true;
 117                 }
 118                 setPosition(hstk, 0);
 119                 ++needle(me);
 120         }
 121         return false;
 122 }
 123
 124 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 125 /*
 126 template <typename THaystack, typename TNeedle>
 127 bool
 128 findNext(Finder & me,
 129                  THaystack & hstk,
 130                  TNeedle const & ndl)
 131 {
 132 SEQAN_CHECKPOINT
 133         ++hstk;
 134         return find(me, hstk, ndl);
 135 }*/
 136
 137 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 138
 139 };
 140
 141 }// namespace SEQAN_NAMESPACE_MAIN
 142
 143 #endif //#ifndef SEQAN_HEADER_...