SeqAn-1.1/seqan/index/index_manual_forwards.h

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  18   $Id: index_manual_forwards.h,v 1.1 2008/08/25 16:20:05 langmead Exp $
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  20
  21 #ifndef SEQAN_HEADER_INDEX_MANUAL_FORWARDS_H
  22 #define SEQAN_HEADER_INDEX_MANUAL_FORWARDS_H
  23
  24 //SEQAN_NO_GENERATED_FORWARDS: no forwards are generated for this file
  25
  26 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  27 // CLASSES
  28 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  29
  30 namespace SEQAN_NAMESPACE_MAIN {
  31
  32         struct _Fibre_Text;             // Original text. Can be a String or a StringSet
  33         struct _Fibre_RawText;  // Concatenation of the strings above
  34         struct _Fibre_SA;               // suffix array (of raw text with virtual $-delimiters) with Pair entries
  35         struct _Fibre_RawSA;    // suffix array with integer entries
  36         struct _Fibre_SAE;              // suffix array reordered in a b-tree
  37         struct _Fibre_LCP;              // lcp table of raw text
  38         struct _Fibre_LCPE;             // lcp interval tree
  39         struct _Fibre_ChildTab; // childtab (Kurtz et al.) of raw text
  40         struct _Fibre_BWT;              // burrows wheeler table of raw text
  41
  42         typedef Tag<_Fibre_Text> const          Fibre_Text;
  43         typedef Tag<_Fibre_RawText> const       Fibre_RawText;
  44         typedef Tag<_Fibre_SA> const            Fibre_SA;
  45         typedef Tag<_Fibre_RawSA> const         Fibre_RawSA;
  46         typedef Tag<_Fibre_SAE> const           Fibre_SAE;
  47         typedef Tag<_Fibre_LCP> const           Fibre_LCP;
  48         typedef Tag<_Fibre_LCPE> const          Fibre_LCPE;
  49         typedef Tag<_Fibre_ChildTab> const      Fibre_ChildTab;
  50         typedef Tag<_Fibre_BWT> const           Fibre_BWT;
  51
  52 }
  53
  54 #endif
  55