SeqAn-1.1/seqan/index/shape_predefined.h

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  17  ============================================================================
  18   $Id: shape_predefined.h,v 1.1 2008/08/25 16:20:05 langmead Exp $
  19  ==========================================================================*/
  20
  21 #ifndef SEQAN_HEADER_SHAPE_PREDEFINED_H
  22 #define SEQAN_HEADER_SHAPE_PREDEFINED_H
  23
  24 //SEQAN_NO_GENERATED_FORWARDS: no forwards are generated for this file
  25
  26 namespace SEQAN_NAMESPACE_MAIN
  27 {
  28
  29         //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  30         // some predefined gapped shapes
  31
  32
  33         //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  34         // Single seed of
  35         // B.Ma and J.Tromp and M.Li,
  36         // "PatternHunter: faster and more sensitive homology search"
  37         // Bioinformatics 18, 2002
  38         //
  39         // weight:11
  40         // length:18
  41         //
  42         // shape:
  43         // 111010010100110111
  44
  45         typedef FixedGappedShape<
  46                 HardwiredShape< 1, 1, 2, 3, 2, 3, 1, 2, 1, 1 >
  47         > ShapePatternHunter;
  48
  49
  50
  51         //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  52         // Multiple seeds of
  53         // L.Ilie and S.Ilie, "Fast Computation of Good Multiple Spaced Seeds"
  54         // WABI, 2007
  55         //
  56         // weight:9
  57         // length:15
  58         //
  59         // shapes:
  60         // 111010100100111
  61         // 110100110011101
  62         // 111010001011011
  63         //
  64         // sensitivity:
  65         // 65% 0.747975         70% 0.897741
  66         // 75% 0.973134         80% 0.996226
  67
  68         typedef FixedGappedShape<
  69                 HardwiredShape< 1, 1, 2, 2, 3, 3, 1, 1 >
  70         > ShapeIlie_9_15_1;
  71
  72         typedef FixedGappedShape<
  73                 HardwiredShape< 1, 2, 3, 1, 3, 1, 1, 2 >
  74         > ShapeIlie_9_15_2;
  75
  76         typedef FixedGappedShape<
  77                 HardwiredShape< 1, 1, 2, 4, 2, 1, 2, 1 >
  78         > ShapeIlie_9_15_3;
  79
  80
  81
  82         //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  83         // Multiple seeds of
  84         // L.Ilie and S.Ilie, "Fast Computation of Good Multiple Spaced Seeds"
  85         // WABI 2007
  86         //
  87         // weight:9
  88         // length:13..23
  89         //
  90         // shapes:
  91         // 1110110100111
  92         // 11010000110010111
  93         // 11100010010000101011
  94         //
  95         // sensitivity:
  96         // 65% 0.767413         70% 0.910949
  97         // 75% 0.978558         80% 0.997357
  98
  99         typedef FixedGappedShape<
 100                 HardwiredShape< 1, 1, 2, 1, 2, 3, 1, 1 >
 101         > ShapeIlie_9_1323_1;
 102
 103         typedef FixedGappedShape<
 104                 HardwiredShape< 1, 2, 5, 1, 3, 2, 1, 1 >
 105         > ShapeIlie_9_1323_2;
 106
 107         typedef FixedGappedShape<
 108                 HardwiredShape< 1, 1, 4, 3, 5, 2, 2, 1 >
 109         > ShapeIlie_9_1323_3;
 110
 111
 112 }       // namespace seqan
 113
 114 #endif