annot.cpp

   1 /*
   2  * annot.cpp
   3  *
   4  *  Created on: Aug 3, 2009
   5  *      Author: Ben Langmead
   6  */
   7
   8 #include <stdexcept>
   9 #include "annot.h"
  10
  11 using namespace std;
  12
  13 /**
  14  * Parse an annotation-map file.
  15  */
  16 void AnnotationMap::parse() {
  17         ifstream in(fname_);
  18         if(!in.good() && in.is_open()) {
  19                 cerr << "Could not open annotation file " << fname_ << endl;
  20                 throw 1;
  21         }
  22         while(in.peek() != EOF) {
  23                 U32Pair pos;
  24                 CharPair an;
  25                 in >> pos.first >> pos.second >> an.first >> an.second;
  26                 map_[pos] = an;
  27                 while(isspace(in.peek())) in.get();
  28         }
  29         in.close();
  30 }