annot.h

   1 /*
   2  * annot.h
   3  *
   4  *  Created on: Aug 3, 2009
   5  *      Author: Ben Langmead
   6  */
   7
   8 #ifndef ANNOT_H_
   9 #define ANNOT_H_
  10
  11 #include <stdint.h>
  12 #include <map>
  13 #include <iostream>
  14 #include <fstream>
  15
  16 /**
  17  * Encapsulates a sorted list of reference positions that are annotated
  18  * somehow (e.g. as a SNP).
  19  */
  20 class AnnotationMap {
  21 public:
  22         typedef std::pair<uint32_t, uint32_t> U32Pair;
  23         typedef std::pair<char, char> CharPair;
  24         typedef std::map<U32Pair, CharPair> AnnotMap;
  25         typedef std::map<U32Pair, CharPair>::const_iterator Iter;
  26
  27         AnnotationMap(const char *fname) {
  28                 fname_ = fname;
  29                 parse();
  30         }
  31
  32         /**
  33          * Give a reference coordinate in the index, translate it into a
  34          * new reference coordinate via the reference map supplied by the
  35          * user.
  36          */
  37         Iter lower_bound(const U32Pair& h) const {
  38                 return map_.lower_bound(h);
  39         }
  40
  41         Iter begin() const {
  42                 return map_.begin();
  43         }
  44
  45         Iter end() const {
  46                 return map_.end();
  47         }
  48
  49 protected:
  50
  51         /**
  52          * Parse an annotation-map file.
  53          */
  54         void parse();
  55
  56         /// filename of file containing the annotation map
  57         const char *fname_;
  58         /// maps reference positions to character annotations
  59         AnnotMap map_;
  60 };
  61
  62 #endif /* ANNOT_H_ */