bowtie_build_main.cpp

   1 /*
   2  * bowtie_build_main.cpp
   3  *
   4  *  Created on: Sep 16, 2009
   5  *      Author: Ben Langmead
   6  */
   7
   8 #include <iostream>
   9 #include <fstream>
  10 #include <string.h>
  11 #include <stdlib.h>
  12 #include <vector>
  13 #include "tokenize.h"
  14
  15 using namespace std;
  16
  17 extern "C" {
  18         int bowtie_build(int argc, const char **argv);
  19 }
  20
  21 /**
  22  * bowtie-build main function.  It is placed in a separate source file
  23  * to make it slightly easier to compile as a library.
  24  *
  25  * If the user specifies -A <file> as the first two arguments, main
  26  * will interpret that file as having one set of command-line arguments
  27  * per line, and will dispatch each batch of arguments one at a time to
  28  * bowtie-build.
  29  */
  30 int main(int argc, const char **argv) {
  31         if(argc > 2 && strcmp(argv[1], "-A") == 0) {
  32                 const char *file = argv[2];
  33                 ifstream in;
  34                 in.open(file);
  35                 char buf[4096];
  36                 int lastret = -1;
  37                 while(in.getline(buf, 4095)) {
  38                         vector<string> args;
  39                         args.push_back(string(argv[0]));
  40                         tokenize(buf, " \t", args);
  41                         const char **myargs = (const char**)malloc(sizeof(char*)*args.size());
  42                         for(size_t i = 0; i < args.size(); i++) {
  43                                 myargs[i] = args[i].c_str();
  44                         }
  45                         if(args.size() == 1) continue;
  46                         lastret = bowtie_build(args.size(), myargs);
  47                         free(myargs);
  48                 }
  49                 if(lastret == -1) {
  50                         cerr << "Warning: No arg strings parsed from " << file << endl;
  51                         return 0;
  52                 }
  53                 return lastret;
  54         } else {
  55                 return bowtie_build(argc, argv);
  56         }
  57 }