chaincat.cpp

   1 /*
   2  * chaincat.cpp
   3  *
   4  * Print out a chained-hit file.
   5  *
   6  *  Created on: Jul 31, 2009
   7  *      Author: Ben Langmead
   8  */
   9
  10 #include <iostream>
  11 #include <stdexcept>
  12 #include "hit_set.h"
  13 #include "filebuf.h"
  14
  15 using namespace std;
  16
  17 int main(int argc, char **argv) {
  18         try {
  19                 if(argc <= 1) {
  20                         cerr << "Error: must specify chain file as first argument" << endl;
  21                         return 1;
  22                 }
  23                 FILE *in = fopen(argv[1], "rb");
  24                 if(in == NULL) {
  25                         cerr << "Could not open " << argv[1] << endl;
  26                         return 1;
  27                 }
  28                 FileBuf fb(in);
  29                 while(!fb.eof()) {
  30                         HitSet s(fb);
  31                         s.reportUpTo(cout);
  32                 }
  33                 fb.close();
  34         } catch(std::exception& e) {
  35                 return 1;
  36         }
  37 }