color_dec.h

   1 /*
   2  * color_dec.h
   3  *
   4  *  Created on: Oct 14, 2009
   5  *      Author: Ben Langmead
   6  */
   7
   8 #ifndef COLOR_DEC_H_
   9 #define COLOR_DEC_H_
  10
  11 #include <stdint.h>
  12 #include <string>
  13 #include <utility>
  14 #include "alphabet.h"
  15
  16 void decodeHit(
  17                 const char *read, // ASCII colors, '0', '1', '2', '3', '.'
  18                 const char *qual, // ASCII quals, Phred+33 encoded
  19                 size_t readi, // offset of first character within 'read' to consider
  20                 size_t readf, // offset of last char (exclusive) in 'read' to consider
  21                 const char *ref, // reference sequence, as masks
  22                 size_t refi, // offset of first character within 'ref' to consider
  23                 size_t reff, // offset of last char (exclusive) in 'ref' to consider
  24                 int snpPhred, // penalty incurred by a SNP
  25                 char *ns,  // decoded nucleotides are appended here
  26                 char *cmm, // where the color mismatches are in the string
  27                 char *nmm, // where nucleotide mismatches are in the string
  28                 int& cmms, // number of color mismatches
  29                 int& nmms);// number of nucleotide mismatches
  30
  31 #endif /* COLOR_DEC_H_ */