debian/doc-base

   1 Document: bowtie
   2 Title: Manual for bowtie
   3 Author:  Ben Langmead
   4 Abstract: ultrafast memory-efficient short read aligner
   5  Bowtie is an ultrafast, memory-efficient short read aligner geared toward
   6  quickly aligning large sets of short DNA sequences (reads) to large genomes. It
   7  aligns 35-base-pair reads to the human genome at a rate of 25 million reads per
   8  hour on a typical workstation. Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler
   9  index to keep its memory footprint small: for the human genome, the index is
  10  typically about 2.2 GB (for unpaired alignment) or 2.9 GB (for paired-end or
  11  colorspace alignment). Multiple processors can be used simultaneously to
  12  achieve greater alignment speed. Bowtie can also output alignments in the
  13  standard SAM format, allowing Bowtie to interoperate with other tools
  14  supporting SAM, including the SAMtools consensus, SNP, and indel callers.
  15 Section: Science/Biology
  16
  17 Format: html
  18 Files: /usr/share/doc/bowtie/manual.html
  19 Index: /usr/share/doc/bowtie/manual.html