debian/patches/gcc-4.7.patch

   1 Author: gregor herrmann <gregoa@debian.org>,
   2 Date: Sun, 22 Apr 2012 22:27:51 +0200
   3 Bug-Closed: http://bugs.debian.org/667120
   4 Description: function "reverseInPlace" is declared after the function is used
   5  For more detailed information see
   6    http://lists.debian.org/debian-mentors/2012/04/msg00409.html
   7  and other mails in this thread.
   8
   9 --- bowtie-0.12.7.orig/alphabet.h
  10 +++ bowtie-0.12.7/alphabet.h
  11 @@ -41,6 +41,19 @@
  12  /**
  13   * Reverse-complement s in-place.  Ns go to Ns.
  14   */
  15 +
  16 +/// Reverse a string in-place
  17 +template <typename TStr>
  18 +static inline void reverseInPlace(TStr& s) {
  19 +       typedef typename Value<TStr>::Type TVal;
  20 +       size_t len = length(s);
  21 +       for(size_t i = 0; i < (len>>1); i++) {
  22 +               TVal tmp = s[i];
  23 +               s[i] = s[len-i-1];
  24 +               s[len-i-1] = tmp;
  25 +       }
  26 +}
  27 +
  28  template<typename TStr>
  29  static inline void reverseComplementInPlace(TStr& s, bool color) {
  30         typedef typename Value<TStr>::Type TVal;
  31 @@ -69,18 +82,6 @@
  32         }
  33  }
  34
  35 -/// Reverse a string in-place
  36 -template <typename TStr>
  37 -static inline void reverseInPlace(TStr& s) {
  38 -       typedef typename Value<TStr>::Type TVal;
  39 -       size_t len = length(s);
  40 -       for(size_t i = 0; i < (len>>1); i++) {
  41 -               TVal tmp = s[i];
  42 -               s[i] = s[len-i-1];
  43 -               s[len-i-1] = tmp;
  44 -       }
  45 -}
  46 -
  47  /**
  48   * Return the reverse-complement of s.
  49   */