debian/patches/spaces-in-sam

   1 Index: bowtie/sam.cpp
   2 ===================================================================
   3 --- bowtie.orig/sam.cpp 2012-12-06 12:06:23.118153141 -0800
   4 +++ bowtie/sam.cpp      2012-12-06 12:07:16.122153504 -0800
   5 @@ -51,6 +51,14 @@
   6         os.writeString(ss.str());
   7  }
   8
   9 +static inline int iseol(int c)
  10 +{
  11 +  if (c == '\n' || c == '\r') {
  12 +    return true;
  13 +  }
  14 +  return false;
  15 +}
  16 +
  17  /**
  18   * Append a SAM output record for an unaligned read.
  19   */
  20 @@ -68,12 +76,12 @@
  21         if(h.mate > 0) {
  22                 // truncate final 2 chars
  23                 for(int i = 0; i < (int)seqan::length(h.patName)-2; i++) {
  24 -                       if(isspace(h.patName[i])) break;
  25 +                       if(iseol(h.patName[i])) break;
  26                         ss << h.patName[i];
  27                 }
  28         } else {
  29                 for(int i = 0; i < (int)seqan::length(h.patName); i++) {
  30 -                       if(isspace(h.patName[i])) break;
  31 +                       if(iseol(h.patName[i])) break;
  32                         ss << h.patName[i];
  33                 }
  34         }