debian/patches/use_debian_seqan.patch

   1 Note: This patch is deactivated because the Debian packaged version of SeqAn 1.2
   2       is not compatible with the version included into this package
   3
   4 Author: Andreas Tille <tilleqdebian.org>
   5 Date: 2011-01-30
   6 Description: Use Debian packages SeqAn Librariy instead of copy in upstream source
   7 --- bowtie-0.12.7.orig/Makefile
   8 +++ bowtie-0.12.7/Makefile
   9 @@ -2,7 +2,7 @@
  10  # Makefile for bowtie, bowtie-build, bowtie-inspect
  11  #
  12
  13 -SEQAN_DIR = SeqAn-1.1
  14 +SEQAN_DIR = /usr/include/seqan
  15  SEQAN_INC = -I $(SEQAN_DIR)
  16  INC = $(SEQAN_INC)
  17  GCC_PREFIX = $(shell dirname `which gcc`)
  18 @@ -149,8 +149,6 @@
  19                 $(wildcard *.hh) \
  20                 $(wildcard *.c) \
  21                 $(wildcard *.cpp) \
  22 -               $(shell $(FIND) SeqAn-1.1 -name "*.h") \
  23 -               $(shell $(FIND) SeqAn-1.1 -name "*.txt") \
  24                 doc/strip_markdown.pl \
  25                 Makefile \
  26                 $(GENERAL_LIST)