ebwt_search_util.cpp

   1 #include "ebwt_search_util.h"
   2 #include "seqan/file.h"
   3
   4 using namespace std;
   5 using namespace seqan;
   6
   7 /**
   8  * Print a hit along with information about the backtracking
   9  * regions constraining the hit.
  10  */
  11 void printHit(const vector<String<Dna5> >& os,
  12               const Hit& h,
  13               const String<Dna5>& qry,
  14               size_t qlen,
  15               uint32_t unrevOff,
  16               uint32_t oneRevOff,
  17               uint32_t twoRevOff,
  18               uint32_t threeRevOff,
  19               bool ebwtFw)
  20 {
  21         // Print pattern sequence
  22         cout << "  Pat:  " << qry << endl;
  23         // Print text sequence
  24         cout << "  Tseg: ";
  25         if(ebwtFw) {
  26                 for(size_t i = 0; i < qlen; i++) {
  27                         cout << os[h.h.first][h.h.second + i];
  28                 }
  29         } else {
  30                 for(int i = (int)qlen-1; i >= 0; i--) {
  31                         cout << os[h.h.first][h.h.second + i];
  32                 }
  33         }
  34         cout << endl;
  35         cout << "  Bt:   ";
  36         for(int i = (int)qlen-1; i >= 0; i--) {
  37                 if     (i < (int)unrevOff)    cout << "0";
  38                 else if(i < (int)oneRevOff)   cout << "1";
  39                 else if(i < (int)twoRevOff)   cout << "2";
  40                 else if(i < (int)threeRevOff) cout << "3";
  41                 else cout << "X";
  42         }
  43         cout << endl;
  44 }