formats.h

   1 #ifndef FORMATS_H_
   2 #define FORMATS_H_
   3
   4 #include <iostream>
   5 #include <seqan/sequence.h>
   6
   7 /**
   8  * File-format constants and names
   9  */
  10
  11 enum file_format {
  12         FASTA = 1,
  13         FASTA_CONT,
  14         FASTQ,
  15         TAB_MATE,
  16         RAW,
  17         CMDLINE,
  18         INPUT_CHAIN,
  19         RANDOM
  20 };
  21
  22 static const std::string file_format_names[] = {
  23         "Invalid!",
  24         "FASTA",
  25         "FASTA sampling",
  26         "FASTQ",
  27         "Tabbed mated",
  28         "Raw",
  29         "Command line",
  30         "Chained",
  31         "Random"
  32 };
  33
  34 /**
  35  * Print the given read information as a FASTA record.
  36  */
  37 static inline void printFastaRecord(
  38                 std::ostream& o,
  39                 const seqan::String<char>& name,
  40                 const seqan::String<seqan::Dna5>& seq)
  41 {
  42         o << ">" << name << endl << seq << endl;
  43 }
  44
  45 /**
  46  * Print the given read information as a FASTQ record.
  47  */
  48 static inline void printFastqRecord(
  49                 std::ostream& o,
  50                 const seqan::String<char>& name,
  51                 const seqan::String<seqan::Dna5>& seq,
  52                 const seqan::String<char>& qual)
  53 {
  54         o << "@" << name << endl << seq << endl << "+" << endl << qual << endl;
  55 }
  56
  57 #endif /*FORMATS_H_*/