Imported Debian patch 0.12.7-3
[bowtie.git] / qual.cpp
1 /// An array that transforms Phred qualities into their maq-like
2 /// equivalents by dividing by ten and rounding to the nearest 10,
3 /// but saturating at 3.
4 unsigned char qualRounds[] = {
5         0, 0, 0, 0, 0,                          //   0 -   4
6         10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, //   5 -  14
7         20, 20, 20, 20, 20, 20, 20, 20, 20, 20, //  15 -  24
8         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, //  25 -  34
9         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, //  35 -  44
10         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, //  45 -  54
11         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, //  55 -  64
12         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, //  65 -  74
13         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, //  75 -  84
14         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, //  85 -  94
15         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, //  95 - 104
16         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 105 - 114
17         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 115 - 124
18         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 125 - 134
19         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 135 - 144
20         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 145 - 154
21         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 155 - 164
22         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 165 - 174
23         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 175 - 184
24         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 185 - 194
25         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 195 - 204
26         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 205 - 214
27         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 215 - 224
28         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 225 - 234
29         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 235 - 244
30         30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, 30, // 245 - 254
31         30                                      // 255
32 };
33
34 /**
35  * Lookup table for converting from Solexa-scaled (log-odds) quality
36  * values to Phred-scaled quality values.
37  */
38 unsigned char solToPhred[] = {
39         /* -10 */ 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 3,
40         /* 0 */ 3, 4, 4, 5, 5, 6, 7, 8, 9, 10,
41         /* 10 */ 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19,
42         /* 20 */ 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29,
43         /* 30 */ 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39,
44         /* 40 */ 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49,
45         /* 50 */ 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59,
46         /* 60 */ 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69,
47         /* 70 */ 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79,
48         /* 80 */ 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89,
49         /* 90 */ 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99,
50         /* 100 */ 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109,
51         /* 110 */ 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119,
52         /* 120 */ 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129,
53         /* 130 */ 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139,
54         /* 140 */ 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149,
55         /* 150 */ 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159,
56         /* 160 */ 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169,
57         /* 170 */ 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179,
58         /* 180 */ 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189,
59         /* 190 */ 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199,
60         /* 200 */ 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209,
61         /* 210 */ 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219,
62         /* 220 */ 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229,
63         /* 230 */ 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239,
64         /* 240 */ 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249,
65         /* 250 */ 250, 251, 252, 253, 254, 255
66 };