range.h

   1 /**
   2  * range.h
   3  */
   4
   5 #ifndef RANGE_H_
   6 #define RANGE_H_
   7
   8 #include <vector>
   9 #include <stdint.h>
  10
  11 /**
  12  * A range along with the alignment it represents.
  13  */
  14 struct Range {
  15         Range() :
  16                 top(0xffffffff), bot(0), cost(0), stratum(0), numMms(0),
  17                 fw(true), mate1(true), ebwt(NULL)
  18         {
  19                 mms.clear();
  20                 refcs.clear();
  21         }
  22
  23         bool valid() const {
  24                 return top < 0xffffffff;
  25         }
  26
  27         void invalidate() {
  28                 top = 0xffffffff;
  29         }
  30
  31         uint32_t top;     // top of range
  32         uint32_t bot;     // bottom of range
  33         uint16_t cost;    // cost
  34         uint32_t stratum; // stratum
  35         uint32_t numMms;  // # mismatches
  36         bool fw;          // the forward orientation of read aligned?
  37         bool mate1;       // read aligned is #1 mate/single?
  38         std::vector<uint32_t> mms;   // list of positions with mismatches
  39         std::vector<uint8_t>  refcs; // reference characters at mismatch positions
  40         const Ebwt<seqan::String<seqan::Dna> > *ebwt;
  41
  42         bool repOk() const {
  43                 assert_eq(refcs.size(), mms.size());
  44                 assert_eq(numMms, mms.size());
  45                 assert_leq(stratum, numMms);
  46                 return true;
  47         }
  48 };
  49
  50 #endif /* RANGE_H_ */