ref_aligner.cpp

   1 /*
   2  * ref_aligner.cpp
   3  */
   4
   5 /**
   6  * Maps an octet representing the XOR of two two-bit-per-base-encoded
   7  * DNA sequences to the number of bases that mismatch between the two.
   8  *
   9  * Generated with this perl:
  10  *
  11  * print "const unsigned char u8toMms[] = {\n";
  12  * for(my $i = 0; $i < 256; $i++) {
  13  *      if(($i & 7) == 0) {
  14  *              print "\t";
  15  *      }
  16  *      my $c = $i;
  17  *      my $mms = 0;
  18  *      for(my $j = 0; $j < 4; $j++) {
  19  *              if(($c & 3) != 0) {
  20  *                      $mms++;
  21  *              }
  22  *              $c >>= 2;
  23  *      }
  24  *      print "$mms, ";
  25  *      if(($i & 7) == 7) {
  26  *              print "\n";
  27  *      }
  28  * }
  29  * print "};\n";
  30  *
  31  */
  32 unsigned char u8toMms[] = {
  33         0, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2,
  34         1, 2, 2, 2, 1, 2, 2, 2,
  35         1, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3,
  36         2, 3, 3, 3, 2, 3, 3, 3,
  37         1, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3,
  38         2, 3, 3, 3, 2, 3, 3, 3,
  39         1, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3,
  40         2, 3, 3, 3, 2, 3, 3, 3,
  41         1, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3,
  42         2, 3, 3, 3, 2, 3, 3, 3,
  43         2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4,
  44         3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4,
  45         2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4,
  46         3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4,
  47         2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4,
  48         3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4,
  49         1, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3,
  50         2, 3, 3, 3, 2, 3, 3, 3,
  51         2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4,
  52         3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4,
  53         2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4,
  54         3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4,
  55         2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4,
  56         3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4,
  57         1, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3,
  58         2, 3, 3, 3, 2, 3, 3, 3,
  59         2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4,
  60         3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4,
  61         2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4,
  62         3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4,
  63         2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4,
  64         3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4,
  65 };