refmap.h

   1 /*
   2  * refmap.h
   3  *
   4  *  Created on: Aug 3, 2009
   5  *      Author: Ben Langmead
   6  */
   7
   8 #ifndef REFMAP_H_
   9 #define REFMAP_H_
  10
  11 #include <stdint.h>
  12 #include <cassert>
  13 #include <vector>
  14 #include <iostream>
  15 #include <fstream>
  16
  17 class ReferenceMap {
  18         typedef std::pair<uint32_t, uint32_t> U32Pair;
  19
  20 public:
  21         ReferenceMap(const char *fname, bool parseNames) {
  22                 fname_ = fname;
  23                 parseNames_ = parseNames;
  24                 parse();
  25         }
  26
  27         /**
  28          * Give a reference coordinate in the index, translate it into a
  29          * new reference coordinate via the reference map supplied by the
  30          * user.
  31          */
  32         void map(U32Pair& h) const;
  33
  34         /**
  35          * Return true iff we have a name for reference with id 'i'.
  36          */
  37         bool hasName(size_t i) const {
  38                 if(!parseNames_) return false;
  39                 return !names_[i].empty();
  40         }
  41
  42         /**
  43          * Get the name for reference with id 'i'.
  44          */
  45         const std::string& getName(size_t i) const {
  46                 assert(parseNames_);
  47                 assert(hasName(i));
  48                 return names_[i];
  49         }
  50
  51 protected:
  52
  53         /**
  54          * Parse a reference-map file.
  55          */
  56         void parse();
  57
  58         const char *fname_;
  59         std::vector<U32Pair> map_;
  60         bool parseNames_;
  61         std::vector<std::string> names_;
  62 };
  63
  64 #endif /* REFMAP_H_ */