scripts/fastq_to_tabbed.pl

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2
   3 ##
   4 # fastq_to_tabbed.pl
   5 #
   6 # Convert a pair of FASTQ files to a single file in a one-pair-per-line
   7 # format, where each line has these five tab-delimited fields:
   8 #
   9 # 1. Pair name
  10 # 2. Sequence of mate 1
  11 # 3. Qualities of mate 1
  12 # 4. Sequence of mate 2
  13 # 5. Qualities of mate 2
  14 #
  15 # This script comes in handy if (a) you'd just like to store your
  16 # paired-end data in a less awkward format than the usual pair of
  17 # parallel FASTQ files, or (b) you'd like to use Bowtie with gzipped
  18 # paired-end input without unzipping it first.  In that case, you can
  19 # pipe the output of this script (which handles gzipped inputs by
  20 # piping them through gzip -dc) to Bowtie and use '--12 -'.
  21 #
  22 # Note that this script can also handle unpaired input (with -u), which
  23 # Bowtie handles approrpaitely in --12 mode even when it's intermingled
  24 # with paired-end input.
  25 #
  26
  27 use strict;
  28 use warnings;
  29 use Getopt::Long;
  30
  31 # Courtesy: http://www.perlmonks.org/?node_id=625977
  32 sub shuffle (@) {
  33         my @a = \(@_);
  34         my $n;
  35         my $i = @_;
  36         map {
  37                 $n = rand($i--);
  38                 (${$a[$n]}, $a[$n] = $a[$i])[0];
  39         } @_;
  40 }
  41
  42 my $unpaired = "";
  43 my $mate1 = "";
  44 my $mate2 = "";
  45 my $shuffle = 0;
  46
  47 GetOptions ("u=s"     => \$unpaired,
  48             "1=s"     => \$mate1,
  49             "2=s"     => \$mate2,
  50             "shuffle" => \$shuffle) || die "Bad option";
  51
  52 my @output;
  53 my @unpaireds = split(/,/, $unpaired);
  54
  55 for my $f (@unpaireds) {
  56         open UNP, "$f" || die;
  57         while(<UNP>) {
  58                 chomp;
  59                 my $name = $_;
  60                 $name = substr($name, 1);
  61                 my $seq = <UNP>;
  62                 chomp($seq);
  63                 my $name2 = <UNP>;
  64                 my $qual = <UNP>;
  65                 chomp($qual);
  66                 push @output, "$name\t$seq\t$qual\n";
  67         }
  68         close(UNP);
  69 }
  70
  71 my @mate1s = split(/,/, $mate1);
  72 my @mate2s = split(/,/, $mate2);
  73
  74 for(my $i = 0; $i <= $#mate1s; $i++) {
  75         if($mate1s[$i] =~ /\.gz$/) {
  76                 open M1, "gzip -dc $mate1s[$i] |" || die;
  77         } else {
  78                 open M1, "$mate1s[$i]" || die;
  79         }
  80         if($mate2s[$i] =~ /\.gz$/) {
  81                 open M2, "gzip -dc $mate2s[$i] |" || die;
  82         } else {
  83                 open M2, "$mate2s[$i]" || die;
  84         }
  85         while(<M1>) {
  86                 my $name1 = $_;
  87                 chomp($name1);
  88                 $name1 = substr($name1, 1, -2);
  89                 my $name2 = <M2>;
  90                 chomp($name2);
  91                 $name2 = substr($name2, 1);
  92                 my $seq1 = <M1>;
  93                 chomp($seq1);
  94                 my $seq2 = <M2>;
  95                 chomp($seq2);
  96                 my $tmp = <M1>;
  97                 $tmp = <M2>;
  98                 my $qual1 = <M1>;
  99                 chomp($qual1);
 100                 my $qual2 = <M2>;
 101                 chomp($qual2);
 102                 print "$name1\t$seq1\t$qual1\t$seq2\t$qual2\n" unless $shuffle;
 103                 push @output, "$name1\t$seq1\t$qual1\t$seq2\t$qual2\n" if $shuffle;
 104         }
 105         close(M1);
 106         close(M2);
 107 }
 108
 109 if($shuffle) {
 110         @output = shuffle(@output);
 111         print join("", @output);
 112 }