scripts/make_a_thaliana_tair.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 #
   4 # Downloads sequence for A. thaliana from TAIR.  This script was used
   5 # to build the Bowtie index for A. thaliana.  The downloaded version
   6 # was TAIR9.
   7 #
   8
   9 GENOMES_MIRROR=ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair
  10
  11 get() {
  12         file=$1
  13         if ! wget --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  14                 if ! curl --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  15                         echo "Please install wget or curl somewhere in your PATH"
  16                         exit 1
  17                 fi
  18                 curl -o `basename $1` $1
  19                 return $?
  20         else
  21                 wget $1
  22                 return $?
  23         fi
  24 }
  25
  26 BOWTIE_BUILD_EXE=./bowtie-build
  27 if [ ! -x "$BOWTIE_BUILD_EXE" ] ; then
  28         if ! which bowtie-build ; then
  29                 echo "Could not find bowtie-build in current directory or in PATH"
  30                 exit 1
  31         else
  32                 BOWTIE_BUILD_EXE=`which bowtie-build`
  33         fi
  34 fi
  35
  36 for c in 1 2 3 4 5 C M ; do
  37         if [ ! -f chr$c.fas ] ; then
  38                 F=${GENOMES_MIRROR}/Sequences/whole_chromosomes/chr$c.fas
  39                 get $F || (echo "Error getting $F" && exit 1)
  40         fi
  41
  42         if [ ! -f chr$c.fas ] ; then
  43                 echo "Could not find chr$c.fas file!"
  44                 exit 2
  45         fi
  46 done
  47
  48 CMD="${BOWTIE_BUILD_EXE} $* chr1.fas,chr2.fas,chr3.fas,chr4.fas,chr5.fas,chrC.fas,chrM.fas  a_thaliana"
  49 echo $CMD
  50 if $CMD ; then
  51         echo "a_thaliana index built; you may remove fasta files"
  52 else
  53         echo "Index building failed; see error message"
  54 fi