scripts/make_galGal3.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 #
   4 # Downloads sequence for the galGal3 version of G. gallus (chicken)
   5 # from UCSC.
   6 #
   7
   8 BASE_CHRS=chr1
   9 # Add autosomes 2-24
  10 i=2
  11 while [ $i -lt 25 ] ; do
  12         BASE_CHRS="$BASE_CHRS chr$i"
  13         i=`expr $i + 1`
  14 done
  15 # Add autosomes 26-28
  16 BASE_CHRS="$BASE_CHRS chr26 chr27 chr28 chr32"
  17 # Add sex chromosomes
  18 BASE_CHRS="$BASE_CHRS chrW chrZ"
  19 # Add mitochondrial
  20 BASE_CHRS="$BASE_CHRS chrM"
  21 # Add other unplaced, but autosome-associated
  22 BASE_CHRS="$BASE_CHRS chr1_random chr2_random chr4_random chr5_random chr6_random chr7_random chr8_random chr10_random chr11_random chr12_random chr13_random chr16_random chr17_random chr18_random chr20_random chr22_random chr25_random chr28_random"
  23 # Add other unplaced, but sex-chromosome-associated
  24 BASE_CHRS="$BASE_CHRS chrW_random chrZ_random"
  25 # Add totally unplaced
  26 BASE_CHRS="$BASE_CHRS chrUn_random"
  27
  28 CHRS_TO_INDEX=$BASE_CHRS
  29
  30 FTP_BASE=ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/galGal3/chromosomes
  31
  32 get() {
  33         file=$1
  34         if ! wget --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  35                 if ! curl --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  36                         echo "Please install wget or curl somewhere in your PATH"
  37                         exit 1
  38                 fi
  39                 curl -o `basename $1` $1
  40                 return $?
  41         else
  42                 wget $1
  43                 return $?
  44         fi
  45 }
  46
  47 BOWTIE_BUILD_EXE=./bowtie-build
  48 if [ ! -x "$BOWTIE_BUILD_EXE" ] ; then
  49         if ! which bowtie-build ; then
  50                 echo "Could not find bowtie-build in current directory or in PATH"
  51                 exit 1
  52         else
  53                 BOWTIE_BUILD_EXE=`which bowtie-build`
  54         fi
  55 fi
  56
  57 INPUTS=
  58 for c in $CHRS_TO_INDEX ; do
  59         if [ ! -f ${c}.fa ] ; then
  60                 F=${c}.fa.gz
  61                 get ${FTP_BASE}/$F || (echo "Error getting $F" && exit 1)
  62                 gunzip $F || (echo "Error unzipping $F" && exit 1)
  63         fi
  64         [ -n "$INPUTS" ] && INPUTS=$INPUTS,${c}.fa
  65         [ -z "$INPUTS" ] && INPUTS=${c}.fa
  66 done
  67
  68 CMD="${BOWTIE_BUILD_EXE} $* ${INPUTS} galGal3"
  69 echo Running $CMD
  70 if $CMD ; then
  71         echo "galGal3 index built; you may remove fasta files"
  72 else
  73         echo "Index building failed; see error message"
  74 fi