scripts/make_h_sapiens_ncbi37.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 #
   4 # Downloads sequence for H. sapiens (human) from NCBI.  This script was
   5 # used to build the Bowtie index for H. sapiens 37.
   6 #
   7 # From README_CURRENT_BUILD:
   8 # Organism: Homo sapiens (human)
   9 # NCBI Build Number: 37
  10 # Version: 1
  11 # Release date: 04 August 2009
  12 #
  13
  14 BASE_CHRS="\
  15 chr1 \
  16 chr2 \
  17 chr3 \
  18 chr4 \
  19 chr5 \
  20 chr6 \
  21 chr7 \
  22 chr8 \
  23 chr9 \
  24 chr10 \
  25 chr11 \
  26 chr12 \
  27 chr13 \
  28 chr14 \
  29 chr15 \
  30 chr16 \
  31 chr17 \
  32 chr18 \
  33 chr19 \
  34 chr20 \
  35 chr21 \
  36 chr22 \
  37 chrX \
  38 chrY"
  39
  40 CHRS_TO_INDEX=$BASE_CHRS
  41
  42 FTP_BASE=ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens
  43 FTP_ASM_BASE=$FTP_BASE/Assembled_chromosomes
  44 FTP_MT_BASE=$FTP_BASE/CHR_MT
  45
  46 get() {
  47         file=$1
  48         if ! wget --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  49                 if ! curl --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  50                         echo "Please install wget or curl somewhere in your PATH"
  51                         exit 1
  52                 fi
  53                 curl -o `basename $1` $1
  54                 return $?
  55         else
  56                 wget $1
  57                 return $?
  58         fi
  59 }
  60
  61 BOWTIE_BUILD_EXE=./bowtie-build
  62 if [ ! -x "$BOWTIE_BUILD_EXE" ] ; then
  63         if ! which bowtie-build ; then
  64                 echo "Could not find bowtie-build in current directory or in PATH"
  65                 exit 1
  66         else
  67                 BOWTIE_BUILD_EXE=`which bowtie-build`
  68         fi
  69 fi
  70
  71 INPUTS=
  72 BASE_NAME=hs_ref_GRCh37_
  73 for c in $CHRS_TO_INDEX ; do
  74         c=${BASE_NAME}${c}
  75         if [ ! -f $c.fa ] ; then
  76                 F=$c.fa.gz
  77                 get ${FTP_ASM_BASE}/$F || (echo "Error getting $F" && exit 1)
  78                 gunzip $F || (echo "Error unzipping $F" && exit 1)
  79         fi
  80         [ -n "$INPUTS" ] && INPUTS=$INPUTS,$c.fa
  81         [ -z "$INPUTS" ] && INPUTS=$c.fa
  82 done
  83
  84 # Special case: get mitochondrial DNA from its home
  85 if [ ! -f hs_ref_chrMT.fa ] ; then
  86         F=hs_ref_chrMT.fa.gz
  87         get ${FTP_MT_BASE}/$F || (echo "Error getting $F" && exit 1)
  88         gunzip $F || (echo "Error unzipping $F" && exit 1)
  89 fi
  90
  91 INPUTS=$INPUTS,hs_ref_chrMT.fa
  92
  93 echo Running ${BOWTIE_BUILD_EXE} $* ${INPUTS} h_sapiens_37_asm
  94 ${BOWTIE_BUILD_EXE} $* ${INPUTS} h_sapiens_37_asm
  95
  96 if [ "$?" = "0" ] ; then
  97         echo "h_sapiens_37_asm index built:"
  98         echo "   h_sapiens_37_asm.1.ebwt h_sapiens_37_asm.2.ebwt"
  99         echo "   h_sapiens_37_asm.3.ebwt h_sapiens_37_asm.4.ebwt"
 100         echo "   h_sapiens_37_asm.rev.1.ebwt h_sapiens_37_asm.rev.2.ebwt"
 101         echo "You may remove hs_ref_chr*.fa"
 102 else
 103         echo "Index building failed; see error message"
 104 fi