scripts/make_m_musculus_ncbi37.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 #
   4 # Downloads assembled sequence for M. musculus (mouse) from NCBI.
   5 #
   6 # From README_CURRENT_BUILD:
   7 #  Organism: Mus musculus (mouse)
   8 #  NCBI Build Number: 37
   9 #  Version: 1
  10 #  Release date: 05 July 2007
  11 #
  12
  13 M_MUS_FTP=ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/M_musculus/Assembled_chromosomes
  14 M_MUS_MT_FTP=ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/M_musculus/CHR_MT
  15 OUTPUT=m_musculus_ncbi37
  16
  17 get() {
  18         file=$1
  19         if ! wget --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  20                 if ! curl --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  21                         echo "Please install wget or curl somewhere in your PATH"
  22                         exit 1
  23                 fi
  24                 curl -o `basename $1` $1
  25                 return $?
  26         else
  27                 wget $1
  28                 return $?
  29         fi
  30 }
  31
  32 BOWTIE_BUILD_EXE=./bowtie-build
  33 if [ ! -x "$BOWTIE_BUILD_EXE" ] ; then
  34         if ! which bowtie-build ; then
  35                 echo "Could not find bowtie-build in current directory or in PATH"
  36                 exit 1
  37         else
  38                 BOWTIE_BUILD_EXE=`which bowtie-build`
  39         fi
  40 fi
  41
  42 INPUTS=
  43 append() {
  44         [ -n "$INPUTS" ] && INPUTS=$INPUTS,$1
  45         [ -z "$INPUTS" ] && INPUTS=$1
  46 }
  47
  48 for c in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 X Y ; do
  49         F=mm_ref_chr$c.fa
  50         if [ ! -f mm_ref_chr$c.fa ] ; then
  51                 FGZ=$F.gz
  52                 get $M_MUS_FTP/$FGZ || (echo "Error getting $FGZ" && exit 1)
  53                 gunzip $FGZ || (echo "Error unzipping $FGZ" && exit 1)
  54         fi
  55         append $F
  56 done
  57
  58 F=mm_ref_chrMT.fa
  59 if [ ! -f mm_ref_chrMT.fa ] ; then
  60         FGZ=$F.gz
  61         get $M_MUS_MT_FTP/$FGZ  || (echo "Error getting $FGZ" && exit 1)
  62         gunzip $FGZ || (echo "Error unzipping $FGZ" && exit 1)
  63 fi
  64 append $F
  65
  66 CMD="$BOWTIE_BUILD_EXE $* $INPUTS $OUTPUT"
  67 echo $CMD
  68 if $CMD ; then
  69         echo "$OUTPUT index built; you may remove fasta files"
  70 else
  71         echo "Index building failed; see error message"
  72 fi