scripts/make_mm8.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 #
   4 # Downloads sequence for the mm8 version of M. musculus (mouse) from
   5 # UCSC.
   6 #
   7 # Note that UCSC's mm8 build has two categories of compressed fasta
   8 # files:
   9 #
  10 # 1. The base files, named chr??.fa.gz
  11 # 2. The unplaced-sequence files, named chr??_random.fa.gz
  12 #
  13 # By default, this script builds and index for just the base files,
  14 # since alignments to those sequences are the most useful.  To change
  15 # which categories are built by this script, edit the CHRS_TO_INDEX
  16 # variable below.
  17 #
  18
  19 BASE_CHRS="\
  20 chr1 \
  21 chr2 \
  22 chr3 \
  23 chr4 \
  24 chr5 \
  25 chr6 \
  26 chr7 \
  27 chr8 \
  28 chr9 \
  29 chr10 \
  30 chr11 \
  31 chr12 \
  32 chr13 \
  33 chr14 \
  34 chr15 \
  35 chr16 \
  36 chr17 \
  37 chr18 \
  38 chr19 \
  39 chrX \
  40 chrY \
  41 chrM"
  42
  43 RANDOM_CHRS="\
  44 1_random \
  45 5_random \
  46 7_random \
  47 8_random \
  48 9_random \
  49 10_random \
  50 13_random \
  51 15_random \
  52 17_random \
  53 X_random \
  54 Y_random \
  55 Un_random"
  56
  57 CHRS_TO_INDEX=$BASE_CHRS
  58
  59 UCSC_MM8_BASE=ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm8/chromosomes
  60
  61 get() {
  62         file=$1
  63         if ! wget --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  64                 if ! curl --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  65                         echo "Please install wget or curl somewhere in your PATH"
  66                         exit 1
  67                 fi
  68                 curl -o `basename $1` $1
  69                 return $?
  70         else
  71                 wget $1
  72                 return $?
  73         fi
  74 }
  75
  76 BOWTIE_BUILD_EXE=./bowtie-build
  77 if [ ! -x "$BOWTIE_BUILD_EXE" ] ; then
  78         if ! which bowtie-build ; then
  79                 echo "Could not find bowtie-build in current directory or in PATH"
  80                 exit 1
  81         else
  82                 BOWTIE_BUILD_EXE=`which bowtie-build`
  83         fi
  84 fi
  85
  86 INPUTS=
  87 for c in $CHRS_TO_INDEX ; do
  88         if [ ! -f ${c}.fa ] ; then
  89                 F=${c}.fa.gz
  90                 get ${UCSC_MM8_BASE}/$F || (echo "Error getting $F" && exit 1)
  91                 gunzip $F || (echo "Error unzipping $F" && exit 1)
  92         fi
  93         [ -n "$INPUTS" ] && INPUTS=$INPUTS,${c}.fa
  94         [ -z "$INPUTS" ] && INPUTS=${c}.fa
  95 done
  96
  97 CMD="${BOWTIE_BUILD_EXE} $* ${INPUTS} mm8"
  98 echo Running $CMD
  99 if $CMD ; then
 100         echo "mm8 index built; you may remove fasta files"
 101 else
 102         echo "Index building failed; see error message"
 103 fi