scripts/make_mm9.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 #
   4 # Downloads sequence for the mm9 version of M. musculus (mouse) from
   5 # UCSC.
   6 #
   7 # Note that UCSC's mm9 build has two categories of compressed fasta
   8 # files:
   9 #
  10 # 1. The base files, named chr??.fa.gz
  11 # 2. The unplaced-sequence files, named chr??_random.fa.gz
  12 #
  13 # By default, this script builds and index for just the base files,
  14 # since alignments to those sequences are the most useful.  To change
  15 # which categories are built by this script, edit the CHRS_TO_INDEX
  16 # variable below.
  17 #
  18
  19 BASE_CHRS="\
  20 chr1 \
  21 chr2 \
  22 chr3 \
  23 chr4 \
  24 chr5 \
  25 chr6 \
  26 chr7 \
  27 chr8 \
  28 chr9 \
  29 chr10 \
  30 chr11 \
  31 chr12 \
  32 chr13 \
  33 chr14 \
  34 chr15 \
  35 chr16 \
  36 chr17 \
  37 chr18 \
  38 chr19 \
  39 chrX \
  40 chrY \
  41 chrM"
  42
  43 RANDOM_CHRS="\
  44 1_random \
  45 3_random \
  46 4_random \
  47 5_random \
  48 7_random \
  49 8_random \
  50 9_random \
  51 13_random \
  52 16_random \
  53 17_random \
  54 X_random \
  55 Y_random \
  56 Un_random"
  57
  58 CHRS_TO_INDEX=$BASE_CHRS
  59
  60 UCSC_MM9_BASE=ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm9/chromosomes
  61
  62 get() {
  63         file=$1
  64         if ! wget --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  65                 if ! curl --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  66                         echo "Please install wget or curl somewhere in your PATH"
  67                         exit 1
  68                 fi
  69                 curl -o `basename $1` $1
  70                 return $?
  71         else
  72                 wget $1
  73                 return $?
  74         fi
  75 }
  76
  77 BOWTIE_BUILD_EXE=./bowtie-build
  78 if [ ! -x "$BOWTIE_BUILD_EXE" ] ; then
  79         if ! which bowtie-build ; then
  80                 echo "Could not find bowtie-build in current directory or in PATH"
  81                 exit 1
  82         else
  83                 BOWTIE_BUILD_EXE=`which bowtie-build`
  84         fi
  85 fi
  86
  87 INPUTS=
  88 for c in $CHRS_TO_INDEX ; do
  89         if [ ! -f ${c}.fa ] ; then
  90                 F=${c}.fa.gz
  91                 get ${UCSC_MM9_BASE}/$F || (echo "Error getting $F" && exit 1)
  92                 gunzip $F || (echo "Error unzipping $F" && exit 1)
  93         fi
  94         [ -n "$INPUTS" ] && INPUTS=$INPUTS,${c}.fa
  95         [ -z "$INPUTS" ] && INPUTS=${c}.fa
  96 done
  97
  98 CMD="${BOWTIE_BUILD_EXE} $* ${INPUTS} mm9"
  99 echo Running $CMD
 100 if $CMD ; then
 101         echo "mm9 index built; you may remove fasta files"
 102 else
 103         echo "Index building failed; see error message"
 104 fi