scripts/make_rn4.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 #
   4 # Downloads sequence for the rn4 version of R. norvegicus (rat) from
   5 # UCSC.
   6 #
   7 # Note that UCSC's rn4 build has two categories of compressed fasta
   8 # files:
   9 #
  10 # 1. The base files, named chr??.fa.gz
  11 # 2. The unplaced-sequence files, named chr??_random.fa.gz
  12 #
  13 # By default, this script builds and index for just the base files,
  14 # since alignments to those sequences are the most useful.  To change
  15 # which categories are built by this script, edit the CHRS_TO_INDEX
  16 # variable below.
  17 #
  18
  19 i=2
  20 BASE_CHRS=chr1
  21 while [ $i -lt 21 ] ; do
  22         BASE_CHRS="$BASE_CHRS chr$i"
  23         i=`expr $i + 1`
  24 done
  25 BASE_CHRS="$BASE_CHRS chrX chrM chrUn"
  26
  27 RANDOM_CHRS="\
  28 chr1_random \
  29 chr2_random \
  30 chr3_random \
  31 chr4_random \
  32 chr5_random \
  33 chr6_random \
  34 chr7_random \
  35 chr8_random \
  36 chr9_random \
  37 chr10_random \
  38 chr11_random \
  39 chr12_random \
  40 chr13_random \
  41 chr14_random \
  42 chr15_random \
  43 chr16_random \
  44 chr17_random \
  45 chr18_random \
  46 chr19_random \
  47 chr20_random \
  48 chrX_random \
  49 chrUn_random"
  50
  51 CHRS_TO_INDEX=$BASE_CHRS
  52
  53 RN4_BASE=ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/rn4/chromosomes
  54
  55 get() {
  56         file=$1
  57         if ! wget --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  58                 if ! curl --version >/dev/null 2>/dev/null ; then
  59                         echo "Please install wget or curl somewhere in your PATH"
  60                         exit 1
  61                 fi
  62                 curl -o `basename $1` $1
  63                 return $?
  64         else
  65                 wget $1
  66                 return $?
  67         fi
  68 }
  69
  70 BOWTIE_BUILD_EXE=./bowtie-build
  71 if [ ! -x "$BOWTIE_BUILD_EXE" ] ; then
  72         if ! which bowtie-build ; then
  73                 echo "Could not find bowtie-build in current directory or in PATH"
  74                 exit 1
  75         else
  76                 BOWTIE_BUILD_EXE=`which bowtie-build`
  77         fi
  78 fi
  79
  80 INPUTS=
  81 for c in $CHRS_TO_INDEX ; do
  82         if [ ! -f ${c}.fa ] ; then
  83                 F=${c}.fa.gz
  84                 get ${RN4_BASE}/$F || (echo "Error getting $F" && exit 1)
  85                 gunzip $F || (echo "Error unzipping $F" && exit 1)
  86         fi
  87         [ -n "$INPUTS" ] && INPUTS=$INPUTS,${c}.fa
  88         [ -z "$INPUTS" ] && INPUTS=${c}.fa
  89 done
  90
  91 CMD="${BOWTIE_BUILD_EXE} $* ${INPUTS} rn4"
  92 echo Running $CMD
  93 if $CMD ; then
  94         echo "rn4 index built; you may remove fasta files"
  95 else
  96         echo "Index building failed; see error message"
  97 fi