scripts/make_s_cerevisiae.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 #
   4 # Downloads sequence for a S. cerevisiae from CYGD.  This script
   5 # was used to build the Bowtie index for S. cerevisiae.
   6 #
   7
   8 GENOMES_MIRROR=ftp://ftpmips.gsf.de/yeast/sequences
   9
  10 BOWTIE_BUILD_EXE=./bowtie-build
  11 if [ ! -x "$BOWTIE_BUILD_EXE" ] ; then
  12         if ! which bowtie-build ; then
  13                 echo "Could not find bowtie-build in current directory or in PATH"
  14                 exit 1
  15         else
  16                 BOWTIE_BUILD_EXE=`which bowtie-build`
  17         fi
  18 fi
  19
  20 if [ ! -f Scerevisiae_chr.fna ] ; then
  21         if ! which wget > /dev/null ; then
  22                 echo wget not found, looking for curl...
  23                 if ! which curl > /dev/null ; then
  24                         echo curl not found either, aborting...
  25                 else
  26                         # Use curl
  27                         curl ${GENOMES_MIRROR}/Scerevisiae_chr -o Scerevisiae_chr.fna
  28                 fi
  29         else
  30                 # Use wget
  31                 wget ${GENOMES_MIRROR}/Scerevisiae_chr
  32                 mv Scerevisiae_chr Scerevisiae_chr.fna
  33         fi
  34 fi
  35
  36 if [ ! -f Scerevisiae_chr.fna ] ; then
  37         echo "Could not find Scerevisiae_chr.fna file!"
  38         exit 2
  39 fi
  40
  41 CMD="$BOWTIE_BUILD_EXE $* Scerevisiae_chr.fna s_cerevisiae"
  42 echo $CMD
  43 if $CMD ; then
  44         echo "s_cerevisiae index built; you may remove fasta files"
  45 else
  46         echo "Index building failed; see error message"
  47 fi