scripts/random_bowtie_tests.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 SEED="$1"
   4 if [ -z "$SEED" ] ; then
   5         SEED=77
   6 else
   7         shift
   8 fi
   9
  10 if [ "$1" == "-c" ] ; then
  11         rm -f bowtie bowtie-debug bowtie-build-debug bowtie-inspect-debug
  12         shift
  13 fi
  14
  15 make $* bowtie bowtie-debug bowtie-build-debug bowtie-inspect-debug
  16
  17 # Args: seed, outer, inner, tbase, trand, pbase, prand
  18
  19 echo "Short test emphasizing searching..."
  20 perl scripts/random_bowtie_tests.pl $SEED 1000 200 300 200 8 30
  21 if [ "$?" != "0" ] ; then echo "Error!" ; exit 1 ; fi
  22 echo "Short test emphasizing searching with short patterns..."
  23 perl scripts/random_bowtie_tests.pl $SEED 1000 200 300 200 6 6
  24 if [ "$?" != "0" ] ; then echo "Error!" ; exit 1 ; fi
  25 echo "Short test emphasizing searching with long patterns..."
  26 perl scripts/random_bowtie_tests.pl $SEED 1000 200 300 200 30 20
  27 if [ "$?" != "0" ] ; then echo "Error!" ; exit 1 ; fi
  28 echo "Short test emphasizing building..."
  29 perl scripts/random_bowtie_tests.pl $SEED 1200 10 300 200 8 30
  30 if [ "$?" != "0" ] ; then echo "Error!" ; exit 1 ; fi
  31
  32 echo "Long test emphasizing searching..."
  33 perl scripts/random_bowtie_tests.pl $SEED 5000 200 300 200 8 30
  34 if [ "$?" != "0" ] ; then echo "Error!" ; exit 1 ; fi
  35 echo "Long test emphasizing building..."
  36 perl scripts/random_bowtie_tests.pl $SEED 6000 10 300 200 8 30
  37 if [ "$?" != "0" ] ; then echo "Error!" ; exit 1 ; fi