search_1mm_phase1.c

   1 /*
   2  * This is a fragment, included from multiple places in ebwt_search.cpp.
   3  * It implements the logic of the first phase of the 1-mismatch search
   4  * routine.  It is implemented as a code fragment so that it can be
   5  * reused in both the half-index-in-memory and full-index-in-memory
   6  * situations.
   7  */
   8 {
   9         bt.setEbwt(&ebwtFw);
  10         bt.setReportExacts(true);
  11
  12         if(plen < 2) {
  13                 cerr << "Error: Reads must be at least 2 characters long in 1-mismatch mode" << endl;
  14                 throw 1;
  15         }
  16
  17         if(!nofw) {
  18                 // First, try exact hits for the forward-oriented read
  19                 params.setFw(true);
  20                 bt.setQuery(patsrc->bufa());
  21                 bt.setOffs(0, 0, s, s, s, s);
  22                 if(bt.backtrack()) {
  23                         DONEMASK_SET(patid);
  24                         continue;
  25                 }
  26         }
  27
  28         if(!norc) {
  29                 params.setFw(false);
  30
  31                 // Next, try exact hits for the reverse-complement read
  32                 bt.setQuery(patsrc->bufa());
  33                 bt.setOffs(0, 0, s, s, s, s);
  34                 if(bt.backtrack()) {
  35                         DONEMASK_SET(patid);
  36                         continue;
  37                 }
  38         }
  39
  40         if(sink->finishedWithStratum(0)) { // no more exact hits are possible
  41                 // the sink tells us we needn't try 1-mismatch alignments
  42                 DONEMASK_SET(patid);
  43                 continue;
  44         }
  45         bt.setReportExacts(false);
  46
  47         if(!norc) {
  48                 // Next, try hits with one mismatch on the 3' end for the reverse-complement read
  49                 bt.setQuery(patsrc->bufa());
  50                 bt.setOffs(0, 0, s5, s, s, s); // 1 mismatch allowed in 3' half
  51                 if(bt.backtrack()) {
  52                         DONEMASK_SET(patid);
  53                         continue;
  54                 }
  55         }
  56
  57         if(!nofw) {
  58                 params.setFw(true);
  59                 // Next, try hits with one mismatch on the 3' end for the reverse-complement read
  60                 bt.setQuery(patsrc->bufa());
  61                 bt.setOffs(0, 0, s5, s, s, s); // 1 mismatch allowed in 3' half
  62                 if(bt.backtrack()) {
  63                         DONEMASK_SET(patid);
  64                         continue;
  65                 }
  66         }
  67 }