search_1mm_phase2.c

   1 /*
   2  * This is a fragment, included from multiple places in ebwt_search.cpp.
   3  * It implements the logic of the second phase of the 1-mismatch search
   4  * routine.  It is implemented as a code fragment so that it can be
   5  * reused in both the half-index-in-memory and full-index-in-memory
   6  * situations.
   7  */
   8 {
   9         bt.setEbwt(&ebwtBw);
  10         bt.setReportExacts(false);
  11
  12         if(!norc) {
  13                 params.setFw(false);
  14                 // Next, try hits with one mismatch on the 3' end for the reverse-complement read
  15                 bt.setQuery(patsrc->bufa());
  16                 bt.setOffs(0, 0, s3, s, s, s); // 1 mismatch allowed in 3' half
  17                 if(bt.backtrack()) {
  18                         continue;
  19                 }
  20         }
  21
  22         if(!nofw) {
  23                 params.setFw(true);
  24                 // Next, try hits with one mismatch on the 3' end for the reverse-complement read
  25                 bt.setQuery(patsrc->bufa());
  26                 bt.setOffs(0, 0, s3, s, s, s); // 1 mismatch allowed in 3' half
  27                 if(bt.backtrack()) {
  28                         continue;
  29                 }
  30         }
  31 }