search_23mm_phase1.c

   1 /*
   2  * This is a fragment, included from multiple places in ebwt_search.cpp.
   3  * It implements the logic of the first phase of the 2/3-mismatch search
   4  * routine.  It is implemented as a code fragment so that it can be
   5  * reused in both the half-index-in-memory and full-index-in-memory
   6  * situations.
   7  */
   8 {
   9         // If requested, check that this read has the same length
  10         // as all the previous ones
  11         btr1.setReportExacts(true);
  12
  13         if(plen < 3 && two) {
  14                 cerr << "Error: Read (" << name << ") is less than 3 characters long" << endl;
  15                 throw 1;
  16         }
  17         else if(plen < 4) {
  18                 cerr << "Error: Read (" << name << ") is less than 4 characters long" << endl;
  19                 throw 1;
  20         }
  21         if(!nofw) {
  22                 // Do an exact-match search on the forward pattern, just in
  23                 // case we can pick it off early here
  24                 params.setFw(true);
  25                 btr1.setQuery(patsrc->bufa());
  26                 btr1.setOffs(0, 0, plen, plen, plen, plen);
  27                 if(btr1.backtrack()) {
  28                         DONEMASK_SET(patid);
  29                         continue;
  30                 }
  31         }
  32         if(!norc) {
  33                 // Set up backtracker with reverse complement
  34                 params.setFw(false);
  35                 // Set up the revisitability of the halves
  36                 btr1.setQuery(patsrc->bufa());
  37                 btr1.setOffs(0, 0, s5, s5, two ? s : s5, s);
  38                 if(btr1.backtrack()) {
  39                         DONEMASK_SET(patid);
  40                         continue;
  41                 }
  42         }
  43         if(nofw && sink->finishedWithStratum(0)) { // no more exact hits are possible
  44                 DONEMASK_SET(patid);
  45                 continue;
  46         }
  47 }