search_exact.c

   1 /*
   2  * This is a fragment, included from multiple places in ebwt_search.cpp.
   3  * It implements the logic of the exact-search routine.  It is
   4  * implemented as a code fragment so that it can be reused in both
   5  * paired and unpaired alignment.
   6  */
   7 {
   8         uint32_t plen = length(patsrc->bufa().patFw);
   9         if(!nofw) {
  10                 // Match against forward strand
  11                 params.setFw(true);
  12                 bt.setQuery(patsrc->bufa());
  13                 bt.setOffs(0, 0, plen, plen, plen, plen);
  14                 // If we matched on the forward strand, ignore the reverse-
  15                 // complement strand
  16                 if(bt.backtrack()) {
  17                         continue;
  18                 }
  19         }
  20         if(!norc) {
  21                 // Process reverse-complement read
  22                 params.setFw(false);
  23                 bt.setQuery(patsrc->bufa());
  24                 bt.setOffs(0, 0, plen, plen, plen, plen);
  25                 bt.backtrack();
  26         }
  27 }