crossmatch.py

   1 try:
   2     import psyco
   3     psyco.full()
   4 except:
   5     pass
   6
   7 import sys
   8 from cistematic.core.orthomatcher import orthoMatcher
   9
  10
  11 def main(argv=None):
  12     if not argv:
  13         argv = sys.argv
  14
  15     print "crossmatch: version 1.2"
  16     if len(argv) < 7:
  17         print "usage: python %s prefix directory genome1 genefile1 genome2 genefile2 [genome3 genefile3 .....]" % argv[0]
  18         sys.exit(1)
  19
  20     prefix = argv[1]
  21     directory = argv[2]
  22     matchFiles = {}
  23
  24     genomesToMatch = (len(argv) - 3) / 2
  25     for index in range(genomesToMatch):
  26         genome = argv[3 + index * 2]
  27         print genome
  28         if genome not in matchFiles:
  29             matchFiles[genome] = []
  30
  31         matchFiles[genome].append(argv[4 + index * 2])
  32
  33     print matchFiles
  34     orthoMatcher(matchFiles, prefix, directory, fileList=True)
  35
  36
  37 if __name__ == "__main__":
  38     main(sys.argv)