makesitetrack.py

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   2 #  makesitetrack.py
   3 #  ENRAGE
   4 #
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   6 import sys
   7 import string
   8 import optparse
   9 from commoncode import getConfigParser, getConfigOption, getConfigBoolOption
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  11 print "makesitetrack: version 2.2"
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  14 def main(argv=None):
  15     if not argv:
  16         argv = sys.argv
  17
  18     usage = "usage: python %prog sitefile outbedfile [--noheader] [--stype fieldID] [--color xx,yy,zz] [--append] [--exploded]"
  19
  20     parser = makeParser(usage)
  21     (options, args) = parser.parse_args(argv[1:])
  22
  23     if len(args) < 2:
  24         print usage
  25         sys.exit(1)
  26
  27     infile = args[0]
  28     outfileName = args[1]
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  30     makesitetrack(infile, outfileName, options.stypeID, options.color, options.append, options.compact, options.noHeader)
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  33 def makeParser(usage=""):
  34     parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
  35     parser.add_option("--noheader", action="store_true", dest="noHeader")
  36     parser.add_option("--stype", type="int", dest="stypeID")
  37     parser.add_option("--color", dest="color")
  38     parser.add_option("--append", action="store_true", dest="append")
  39     parser.add_option("--exploded", action="store_false", dest="compact")
  40
  41     configParser = getConfigParser()
  42     section = "makesitetrack"
  43     stypeID = getConfigOption(configParser, section, "stypeID", None)
  44     color = getConfigOption(configParser, section, "color", "0,0,0")
  45     append = getConfigBoolOption(configParser, section, "append", False)
  46     compact = getConfigBoolOption(configParser, section, "compact", True)
  47     noHeader = getConfigBoolOption(configParser, section, "noHeader", False)
  48
  49     parser.set_defaults(stypeID=stypeID, color=color, append=append, compact=compact, noHeader=noHeader)
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  51     return parser
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  54 def makesitetrack(infileName, outFileName, stypeID=None, color="0,0,0", append=False, compact=True, noHeader=False):
  55     if stypeID is not None:
  56         doStype = True
  57     else:
  58         doStype = False
  59         stypeID = 4
  60
  61     infile = open(infileName)
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  63     if append:
  64         outfile = open(outFileName, "a")
  65     else:
  66         outfile = open(outFileName, "w")
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  68     try:
  69         (name, extension) = outFileName.split(".")
  70     except ValueError:
  71         name = outFileName.split(".")[:-1]
  72         name = string.join(name, "_")
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  74     if not noHeader:
  75         outfile.write('track name="%s" visibility=4 itemRgb="On"\n' % name)
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  77     count = 1
  78     for line in infile:
  79         if line[0] == "#":
  80             continue
  81
  82         fields = line.split()
  83         if compact:
  84             (chrom, loc) = fields[0].split(":")
  85             (start, stop) = loc.split("-")
  86             score = fields[1]
  87         else:
  88             chrom = fields[1]
  89             start = fields[2]
  90             stop = fields[3]
  91             score = 1.
  92
  93         stype = "%s-%s" % (name, str(count))
  94         if doStype:
  95             try:
  96                 stype = fields[stypeID]
  97                 if stype == "11":
  98                     stype = "can"
  99                 elif stype == "0":
 100                     stype = "half"
 101                 else:
 102                     stype = "NC" + stype
 103             except IndexError:
 104                 pass
 105
 106         sense = fields[-2].strip()
 107         if sense not in ["+", "-"]:
 108             sense = "+"
 109
 110         outfile.write("%s\t%s\t%d\t%s\t%s\t%s\t-\t-\t%s\n" % (chrom, start, int(stop) + 1, stype, score, sense, color))
 111         count += 1
 112
 113     outfile.close()
 114
 115
 116 if __name__ == "__main__":
 117     main(sys.argv)