rdsmetadata.py

   1 #
   2 #  rdsmetadata.py
   3 #  ENRAGE
   4 #
   5 try:
   6     import psyco
   7     psyco.full()
   8 except:
   9     pass
  10
  11 import sys
  12 import optparse
  13 import ReadDataset
  14 from commoncode import getConfigParser, getConfigBoolOption, getConfigIntOption
  15
  16 print "rdsmetadata: version 2.8"
  17
  18
  19 def main(argv=None):
  20     if not argv:
  21         argv = sys.argv
  22
  23     usage = "usage: python %prog rdsfile [propertyName1::propertyValue1] ... [propertyNameN::propertyValueN] [options]"
  24
  25     parser = makeParser(usage)
  26     (options, args) = parser.parse_args(argv[1:])
  27
  28     if len(args) < 1:
  29         print usage
  30         print "where the optional metadata name::value pairs are added to the existing dataset"
  31         sys.exit(1)
  32
  33     datafile = args[0]
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  35     propertyList=[]
  36     for arg in args:
  37         if "::" in arg:
  38             (pname, pvalue) = arg.strip().split("::")
  39             print "adding %s : %s" % (pname, pvalue)
  40             propertyList.append((pname, pvalue))
  41
  42     rdsmetadata(datafile, propertyList, options.cacheVal, options.buildIndex,
  43                 options.dropIndex, options.doCount, options.doComplexity,
  44                 options.resetFlags, options.rnaDataType, options.cachePages)
  45
  46
  47 def makeParser(usage=""):
  48     parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
  49     parser.add_option("--defaultcache", type="int", dest="cacheVal")
  50     parser.add_option("--index", action="store_true", dest="buildIndex")
  51     parser.add_option("--dropindex", action="store_true", dest="dropIndex")
  52     parser.add_option("--nocount", action="store_false", dest="doCount")
  53     parser.add_option("--complexity", action="store_true", dest="doComplexity")
  54     parser.add_option("--reset", action="store_true", dest="resetFlags")
  55     parser.add_option("--initrna", action="store_true", dest="rnaDataType")
  56     parser.add_option("--cache", type="int", dest="cachePages")
  57
  58     configParser = getConfigParser()
  59     section = "rdsmetadata"
  60     cacheVal = getConfigIntOption(configParser, section, "cacheVal", 0)
  61     buildIndex = getConfigBoolOption(configParser, section, "buildIndex", False)
  62     dropIndex = getConfigBoolOption(configParser, section, "dropIndex", False)
  63     doCount = getConfigBoolOption(configParser, section, "doCount", True)
  64     doComplexity = getConfigBoolOption(configParser, section, "doComplexity", False)
  65     resetFlags = getConfigBoolOption(configParser, section, "resetFlags", False)
  66     rnaDataType = getConfigBoolOption(configParser, section, "rnaDataType", False)
  67     cachePages = getConfigIntOption(configParser, section, "cachePages", -1)
  68
  69     parser.set_defaults(cacheVal=cacheVal, buildIndex=buildIndex, dropIndex=dropIndex, doCount=doCount,
  70                         doComplexity=doComplexity, resetFlags=resetFlags, rnaDataType=rnaDataType,
  71                         cachePages=cachePages)
  72
  73     return parser
  74
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  76 def rdsmetadata(datafile, propertyList=[], cacheVal=0, buildIndex=False,
  77                 dropIndex=False, doCount=True, doComplexity=False, resetFlags=False,
  78                 rnaDataType=False, cachePages=-1):
  79
  80     doCache = False
  81     if cachePages != -1:
  82         doCache = True
  83
  84     if rnaDataType:
  85         rds = ReadDataset.ReadDataset(datafile, initialize=True, datasetType="RNA", verbose=True, cache=doCache)
  86     else:
  87         rds = ReadDataset.ReadDataset(datafile, verbose=True, reportCount=doCount, cache=doCache)
  88
  89     if cachePages > rds.getDefaultCacheSize():
  90         rds.setDBcache(cachePages)
  91
  92     if cacheVal > 0:
  93         rds.setDBcache(cacheVal, default=True)
  94         print "set default cache size to %d pages" % cacheVal
  95
  96     if resetFlags:
  97         print "clearing read flags"
  98         rds.resetFlags()
  99
 100     if dropIndex:
 101         try:
 102             rds.dropIndex()
 103         except:
 104             print "could not drop index"
 105
 106     if buildIndex:
 107         print "building index...."
 108         if cacheVal > 0:
 109             rds.buildIndex(cacheVal)
 110         else:
 111             rds.buildIndex()
 112
 113     if doComplexity:
 114         print "calculating uniq read complexity..."
 115         uniqs = rds.getUniqsCount(distinct=False)
 116         distincts = rds.getUniqsCount(distinct=True)
 117         print "%d distincts / %d uniqs = %.2f" % (distincts, uniqs, float(distincts) / uniqs)
 118
 119     if len(propertyList) > 0:
 120         rds.insertMetadata(propertyList)
 121
 122
 123 if __name__ == "__main__":
 124     main(sys.argv)