Simplify linking fastq files to their library id.
authorDiane Trout <diane@caltech.edu>
Wed, 12 Dec 2012 23:39:00 +0000 (15:39 -0800)
committerDiane Trout <diane@caltech.edu>
Wed, 12 Dec 2012 23:39:00 +0000 (15:39 -0800)
commit447be4c5a3dcfac6550d3f06b8faf9198a8cd321
treea0d49b288e4c74f735ba7a6898ab16d502195980
parent8155bc04a7f91890b99593a6a1c2a5025b5e4cc6
Simplify linking fastq files to their library id.

Unlike my previous effort which required the fastq generation
script to generate dc:source entries to match fastqs to libraries,
this version just parses the generated fastq filename.

This does mean that a manually generated file might not work.

I accomplished this by writing a class to generate the
fastq (for submission) filenames and to parse them, so at least
all that code is in one place.

Also after attaching the fastq metadata to the file node,
I discovered I the websites use of language tags on strings
made my query fail. So I changed the toTypedNode to take an optional
language tag. (Defaults to "en").
htsworkflow/submission/fastqname.py
htsworkflow/submission/submission.py
htsworkflow/templates/geo_fastqs.sparql
htsworkflow/templates/geo_submission.soft
htsworkflow/util/rdfhelp.py