[project @ Download Cfg, Use genome mapper, configure, run and monitor pipeline!...
authorBrandon King <kingb@caltech.edu>
Sat, 17 Nov 2007 03:13:07 +0000 (03:13 +0000)
committerBrandon King <kingb@caltech.edu>
Sat, 17 Nov 2007 03:13:07 +0000 (03:13 +0000)
commitd95c331b683def54d1b23281d8ada551a8187a36
treead2c0cd5a1883c29e695157606b428b9661071e5
parent127be0264ec4027c15ceca640fe28b94438dbfa4
[project @ Download Cfg, Use genome mapper, configure, run and monitor pipeline! (Proof of concept!)]
 * Now downloads config file from fctracker db
   * Requires ~/.ga_frontend.conf or /etc/ga_frontend/ga_frontend.conf
     to have [server_info]\nbase_host_url: http://host:port
   * FIXME: flowcell and genome dir are hard coded for testing
 * Uses genome mapper to update config file with local available genomes
   * Requires each genome dir to have a file called _metainfo_ with:
     * species|build
 * Then uses that config file to configure the pipeline
 * Runs the pipeline monitoring the status
 * TODOs:
   * Allow for specifying config file from commandline
     (skipping download config step).
   * Need non-hardcoded way of getting flowcell and genome base directory
   * Incorperate into run daemon that listens for copy complete command
   * Add feature to notify users of success and failures.
bin/config_pipeline2.py
bin/retrieve_eland_config.py