initial attempt to use django restframework

flake8 whitespace change

recreate samples initial migration as strings instead of bytestrings

recreate initial migration as strings instead of bytestrings

move experiment templates into the experiments app

change the default for the DJANGO_SETTINGS_MODULE to be a little more flexible

simplify library report

update docstring

add in missing import

add in some missing imports

Remove unused imports

adjust whitespace

Add more tests for lanes_for

Move lanes_for from samples to experiments

Update dependency list

Also adjust the formatting a bit.

make version utf/python3 friendly

remove extra blank line

Oops I had a test function name collision. Rename one so it gets executed

Drop support for simplejson

We're only targeting python2.7+ & python3.3+ so I can drop
that archaic code.

(Also gets me some more test coverage)

Remove suprious comma. Fixing a tuple <= int bug

python 2 didn't catch this type error. Thankfully python 3 does.

Missed a couple of smart_text wrappings of django test client response.content.

(it comes back as bytes in python3, which causes trouble for librdf)

Update test to be more robust to changing dictionary order.

The test used to be stable in python2 days, but lets just
use sets to make sure it wont fail in the future.

fix a white space issue

convert non-unit-tested module to use newer raise Exception(msg) syntax

convert several not covered by unit-test modules to use print function

Be more careful looking up keys when the fastqname is uninitialized.

By removing the default return of None from getitem, the is_valid test
failed when the object was uninitialized.

add post_spreadsheet to create encoded objects from a excel like spreadsheet

also validate documents before creating them

actually complain if we get the wrong type

add a docstring to validate

Add get_accession_name to use collection name to find commonly used spreadsheet accesssion column name

support trying to figure out object type based on what collection its going to be posted to

Merge branch 'django1.7' of mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow into django1.7

Switch encode3 submitter to use aws.

I needed to write a submission class to support submitting to
aws, and of course there's a slightly different set of metadata
they want to know for submission.

Import flowcell details into the triple store from a lane

store flowcell name in the triple store if its known

record file size information for a file in the triple store

Adjust logging overrides and move django.setup to after the override.

(Otherwise the extra logging doesn't do much.

getitem should only return the key

clean up a bit of whitespace

configure using a local postgres install

Convert reads to an integer, if if it was a float in the xml.

Some versions of the pipeline include a trailing .0 for read length,
this made python 3s parser unhappy. so convert to a float and then
truncate to work around the type issue.

Actually comare an integer (length of list) to an integer 0.

Why was list() > 0 ever valid code?

The empty list is now not found

No I don't know why.

Drop library id encoding

Use regex to make sure scripts end with the right command

python 3 doesn't seem to return the path to a .pyc file
like python 2.

Use six.moves to find urlencode and urlopen

filter out None c.times in list of potential times

use relative import for submission_test_common

Try to detect if an object is a file type on python python 2 & 3.

The base type for files changed between the two releases.

replace xrange with enumerate

Use ''.splitlines() instead of split('\n')

it seems to handle byte vs text strings a bit better.

adapt to python2 returning lists and python3 iterators

This leads to code like next(iter(obj.values())) instead of
obj.values()[0]. Honestly Im not sure which is less ugly.

Also there's a few places where I have to cast things with list()
to get my tests to pass.

use sorted on the iterator instead of an in-place sort

Use max on the iterator to find the last key

add more from __future__ import print_function, unicode_literals

Call print(msg) instead of print msg

special case unicode handling that differs between python2 & 3

Replace some unicode() with str()

Use isinstance(object, (types)) pattern instead of type(object) == types.Type

Specify text vs binary mode for opening files.

(And another smart_text cast sliped in)

prefer native string types.

Things get really messy when trying to pass unicode strings
to redland in python2. I found it simpler to just try and keep
using the native string type.

So this patch is largely replacing unicode() to str() and
changing u'' to ''.

update more raise exceptions to Exception(message) syntax

Use django.utils.encode smart_text or smart_str for intelligent unicode handling

some things like writing files or talking to redland are
quite picky about whether or not they're unicode or ascii strings.

import urljoin from six.moves.urllib.parse

use JsonResponse instead of making a json response by hand using HttpResponse

drop support for simplejson. were only caring about python 2.7+ and 3.3+

import ConfigParser classes from six.moves.configparser

use absolute_import

new json code returns [] when there are no lanes

convert to unicode_literals

convert all the string handling to unicode.
to make the RDF stuff work I needed to mark those strings
as byte arrays

take advantage of absolute_import to simplify import statements

base64.encodestring needs a bytearray in python3

I needed to use int2byte to safely replace the char()
I was using in python2.

Replace elif list() > int() with else

the expression was always true under python2 and
is a syntax error in python3. Replacing it with
if len(list()) > 0 caused test case failures
so this seemed like the best idea.

properly call usrlib.parse instead of urlparse

Convert alphanum sort from comparitor to key operator

I found a much shorter algorithm over on stackoverflow.

convert from failUnlessEqual to assertEqual

update srf2fastq detection code to work with byte arrays

assume we are writing text with gzip

replace iterkeys with python 3 equivalents

convert has_key to X in dictionary

use six.moves to work around urllib / urllib2 / urlparse to urllib 2to3 cleanup

remove unicode_literals from things going to redland RDF

remove some commented out code

convert some print statements to logger messages

convert to print_function, and start adding unicode_literals future as well

put #!/usr/bin/env python in the right place

remove ,'s from more except blocks, and now a raise too

more use six.moves to import StringIO

use six.moves to get to python3-style urllib

whitespace-cleanup

remove some commented out code

convert to print_function

use force_text instead of force_unicode for python2/3 compatibility

import StringIO from six.moves

use six to work around rename of configparser

Convert old style except blocks to except Exception as variable: blocks

make the search tool more flexible

remove unused code

Update test_retrieve_config to work with factories

Along the way I slightly altered how the species factory
worked which required tweaking test_samples.
For some reason test_sequencer changed slightly.